في 12 رمضان من عام 265هـ الموافق 7 مايو 879، تم الانتهاء من بناء مسجد ابن طولون في القاهرة، الذي يعتبر ثالث الجوامع التي أنشئت بمصر بعد جامع عمرو بن العاص، وجامع عسكر، كما يعتبر أيضًا من أقدم جامع احتفظ بتخطيطه وكثير من تفاصيله المعمارية الأصلية، وهو المسجد الوحيد بمصر الذي غلب عليه طراز سامراء حيث المئذنة الملوية المدرجة.

بدأ البناء في هذا المسجد سنة 263 هجرية، إلى أن انتهى سنة 265 هجرية، وقد أنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه .

وبرغم أن مسجد أحمد بن طولون له كثير من الأوّليات، إلا أنه يعتبر أول مسجد بُني بهندسة معمارية فذة على يد مهندس قبطي مصري يُدعى سعيد بن كاتب الفرغاني، وهو من مركز ديرب نجم بمحافظة الشرقية، ويرى آخرون أنه من كفر الشيخ، مسؤوليته في بناء المسجد لم تأتي من فراغ ولها قصة غريبة وطريفة أيضاً ونهايته هو كانت مُحزنة .

كان الفرغاني قد تولى مقياس النيل في جزيرة الروضة بأمر من الخليفة المتوكل، ومع تولي أحمد بن طولون حكم مصر، بنى له قناطر بن طولون وبئر عند بركة حبش لتوصيل الماء إلى مدينة القطائع، ولما ذهب ابن طولون لرؤية العمل، غاصت رِجل حصانه في موضع كان لا يزال ليّناً فوقع أحمد بن طولون، ولسوء ظنه اعتقد أن ذلك شيء فعله المسيحي من أجل غرض في نفسه يسيء له، فأمر بشق ثيابه وجلده خمسمائة سوطًاً وألقاه في السجن .

بعد ذلك بفترة أراد بن طولون أن يحتذي بحذو عمرو بن العاص فقرر بناء مسجد يكون أعظم مساجد مصر، بشرط أن يتم بناءه على 300 عمود، إلا أن هذا كان أمراً يكاد يكون مستحيلاً، فحينما فكر أحمد بن طولون في بناء جامع يكون أعظم ما بنى من مساجد في مصر ويقيمه على 300 عمود من الرخام قيل له ما تجدها، أو تنفذ إلى الكنائس فى الأرياف والضياع وهي الأديرة فتحمل ذلك، فأنكر ذلك وتعذب بالفكر في قلبه وسمع أحمد بن طولون أنه لا يجوز بناء جامع بمواد مسروقة.

لما أحس سعيد بن كاتب الفرغانى بقرار هدم الكنائس للحصول على 300 عمود، كتب إلى أحمد بن طولون قائلاً: «أنا أبنيه لك كما تحب وتختار بلا عمد إلا عمودي القبلة»، فأحضره و قد طال شعره حتى نزل على وجهه، فقال له: «ويحك ما تقول في بناء الجامع»، فقال سعيد: «أنا أصوره لك حتى يراه عياناً بلا عمد إلا عمودي القبلة».

و صنع له ماكيت من الجلد فأعجب به أحمد بن طولون، وأمر بمائة وعشرون ألف دينار لينفق منها على الجامع، وجعل له كل الصلاحيات وتم بناء المسجد في عامين، ففرح بن طولون به وأطلق سراح وأمر له بعشرة آلاف دينار، والجدير بالذكر أن هذا المهندس كان عبقرياً ومخلصاً في عمله حيث لا زالت العقود المدببة في الجامع موجودة قبل أن يُعرَف استخدامها في إنجلترا بـ 200 سنة.