حذر قانون حماية الآثار من ارتكاب أي أعمال من شأنها تشويه أو إتلاف الآثار أو تغيير ملامحها، وفرض عقوبات تصل إلى الحبس والغرامة على مرتكبي هذه الأفعال، في إطار الحفاظ على التراث الأثري وحمايته من العبث والتعدي. وتنص المادة 45 من قانون حماية الآثار على معاقبة كل من يرتكب عددًا من الأفعال المتعلقة بالتعدي على الآثار، بالحبس مدة لا تقل عن سنة، وبغرامة لا تقل عن 10 آلاف جنيه ولا تزيد على 500 ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين. وتشمل الأفعال التي حددها القانون: وضع إعلانات أو لوحات للدعاية على الأثر. الكتابة أو النقش أو وضع الدهانات على الأثر. تشويه أو إتلاف أثر عقاري أو منقول بطريق الخطأ، أو فصل جزء منه. الاستيلاء دون ترخيص من المجلس المختص على أنقاض أو رمال أو مواد أخرى من موقع أثري أو أراضٍ أثرية. تجاوز شروط الترخيص الممنوح في المحاجر. إضافة الرمال أو النفايات أو أي مواد أخرى إلى الأرض أو الموقع الأثري. إلزام بإعادة الأثر إلى أصله ولم يكتف القانون بالعقوبات الجنائية والمالية، إذ نص على الحكم في جميع الأحوال بإلزام الجاني بتحمل تكاليف رد الشيء إلى أصله، فضلًا عن التعويض الذي تقدره المحكمة. وتأتي هذه العقوبات في إطار حماية المواقع والآثار المصرية من أعمال التشويه أو الإتلاف، والحفاظ على قيمتها التاريخية والحضارية باعتبارها جزءًا من التراث الثقافي للدولة.