يذكر أن محمد ماهر قد تدرج في الوظائف بالمصلحة من مدير شئون فحص بمامورية ضرائب المهن الحرة ثان؛ ثم مديرا عاما للفحص بضرائب المهن الحرة ثان وبعد ذلك كرئيسا لمأمورية ضرائب المهن الحرة ثان، حتى أصبح رئيسا لمركز كبار ممولي المهن الحرة منذ سبتمبر 2017 ثم مساعد لرئيس مصلحة الضرائب المصرية.