استهل المستشار إلياس إمام، رئيس نيابة أمن الدولة العليا، مرافعة النيابة في محاكمة محمد مرسي وآخرين في "التخابر مع حماس" بتلاوة الآية الكريمة: "مَثَلُهُمْ كَمَثَلِ الَّذِي اسْتَوْقَدَ نَارًا فَلَمَّا أَضَاءَتْ مَا حَوْلَهُ ذَهَبَ اللَّهُ بِنُورِهِمْ وَتَرَكَهُمْ فِي ظُلُمَاتٍ لَّا يُبْصِرُونَ"، وأشار ممثل النيابة هنا إلى تفسير الإمام فخر الرازي لهذه الآية وتأكيده على أن التشبيه هنا في غاية الدقة.

وتابع أن هذا هو حال الإخوان من زمان، يَضلون فيُضلون، وحتى بعد علم بضلالهم لا إلى الحق يرجعون، وذكرت المرافعة بأن المتهمون وإن كانوا ذوي علم فإنهم استقطبهم ضلالة الشعارات التي حسنت ألفاظها وقبحت معانيها، مشيرة إلى أن القرآن حذر من التشيع ذاكرًا تأكيد الرسول صلى الله عليه وسلم بأن هؤلاء أهل بدع شبهات وضلال.

وتابعت المرافعة بتأكيدها على أن الإخوان تاريخهم تاريخ إرهاب و خيانة وفرقة بين العالمين، ذاكرًا سجل تاريخ الاعتداءات التي شهدها القرن الماضي ومنها تفجير بنزايون، وقتل الخازندار، ومحاولة نسف محكمة الاستئناف لطمس أدلة إدانة التنظيم السري له.

وذكرت المرافعة بأن المتهمين حالهم حال جماعة الإخوان كلما زادوا علمًا زادوا ضلالًا، فكان تصرفهم إرهاب وقتل و تخريب و خيانة، ذاكرًا بأن العلم يسمو بالروح وهو ما لم يتوافر في حالتهم.

وتواصلت المرافعة بالإشارة إلى استشهاد النائب العام، وسعي الإخوان لطمس الحقائق وتزييف التاريخ، مشيرًا هنا إلى قول الإمام عمر بن الخطاب "الفاروق" محذرًا المسلمين :"إياكم و الفتنة، فإن وقع اللسان مثل وقع السيف"، ذاكرًا بأنه لجأوا لإطلاق الشائعات فهي حروب الساعة، وشنت إحداها على مصر.

وذكرت النيابة بأن القضية هي قضية جماعة و أوطان، جماعة أرادت بالوطن والإسلام الوهن تحت شعارات زائفة، كفروا المجتمعات، وأباحوا تقسيم البلاد، وتغيير حدودها، فلا سيادة ولا استقلال لكل الأمة العربية.

وذكر بأن المتربصون بالعرب أرادوا إضعاف الدول وتقسيمها لدويلات، فبعد أن رأى هؤلاء التكاليف الباهظة لإشعال الحروب، بدأت الوسائل تختلف لنفس الغايات، بإشعال الفتن في الدول لتقضي على الأخضر واليابس إنها "الفوضى الخلاقة" والتي أسموها "حرب اللا عنف"،  حرب يكون طرفاها أخ وأخيه.

وتابعت بأنها حرب كان المتهمون الأكثر خيانة، فبعد ان أيقن المتربصون بأن تماسك الشعوب هو العقبة الأساس لإسقاط الدول، فنسيج الشعوب مترابط لا وهن فيه، فبد بحث الاستخبارات الأجنبية عن وسائل التقسيم و الشقاق للبدائل يخضعون دول المنطقة لسيادتهم و مقدراتهم.

وأشارت النيابة إلى أن الاستخبارات درست طبائع الناس، فعلموا إيمانهم بالدين، وأن الغيمان هو من يدفع الناس للنصر المبين، فأيقنوا أن عليهم أن يبحثوا عن عميل يتحدث بأحكام الدين، ذاكرًا حديث الفاروق عمر بن الخطاب حينما قال ما أخاف عليكم أحد رجلين: رجلٌ مؤمنٌ قد تبين إيمانه، ورجلٌ كافرٌ قد تبين كفره. ولكن أخاف عليكم منافقاً يتعوذ بالإيمان ويعمل غيره".

تعقد الجلسة برئاسة  المستشار محمد شيرين فهمي، وعضوية المستشارين عصام أبو العلا و حسن السايس، وأمانة سر حمدي الشناوي.

كانت النيابة العامة أسندت إلى المتهمين تهم التخابر مع منظمات أجنبية خارج البلاد، بغية ارتكاب أعمال إرهابية داخل البلاد، وإفشاء أسرار الدفاع عن البلاد لدولة أجنبية ومن يعملون لمصلحتها، وتمويل الإرهاب، والتدريب العسكري لتحقيق أغراض التنظيم الدولي للإخوان، وارتكاب أفعال تؤدي إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها.