قرر الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف إعادة فتح مسجد الحسين للصلاة جزئيا في النصف الغربي من المسجد وهو الجزء البعيد تماما عن الاتصال بالمقام حفاظا على الجميع، جاء ذلك بناء على تقرير اللجنة التي تم تشكليها لمعاينة الإجراءات التي اتخذتها مديرية أوقاف القاهرة لمنع تكرار ما حدث من بعض مرتادي المسجد عقب إحدى الصلوات بمخالفة تعليمات الأوقاف ومحاولتهم الاستعاضة عن زيارة المقام بالوقوف على الحائط الخارجي له ، وبعد إتمام التحقيق وما ترتب عليه من محاسبة كل من ثبت تقصيره بما في ذلك من إنهاء خدمة المدير الإداري للمسجد . 

وبناء على ما تم من عمل حرم آمن يعزل مكان الصلاة عزلا تاما عن المقام ، وعلى قيام مديرية أوقاف القاهرة  بتعقيم المسجد كاملا ، ونظرا لما للمسجد من مكانة كبيرة في نفوس المصريين جميعا ومحبي آل بيت سيدنا رسول الله ( صلى الله عليه وسلم ) في مشارق الأرض ومغاربها ، قرر الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف إعادة فتح المسجد للصلاة جزئيا في النصف الغربي من المسجد وهو الجزء البعيد تماما عن الاتصال بالمقام حفاظا على الجميع ، ودفعا لأي جدل يحدث بين بعض المصلين والقائمين على شئون المسجد أو محاولة أي من المصلين تكرار ما حدث ، وعلى أن تقدم مديرية أوقاف القاهرة خطة تفصيلية محددة بالأسماء والمسئوليات ومسئولي المتابعة بالمديرية ومهامهم غدا الثلاثاء ، وتكون إعادة الفتح الجزئي فجر الأربعاء القادم الموافق ٨ / ٧ / ٢٠٢٠ م بإذن الله تعالي .