تتبع منطقة آثار الخارجة قطاع الآثار الإسلامية والقبطية التابع لوزارة الآثار، وتضم مجموعة من المناطق الأثرية الإسلامية والقبطية يبلغ عددها 10 مناطق تقريبًا وهناك واحدة منهم فقط هي المفتوحة للزيارة وهي منطقة البجوات الأثرية .

وتقع الخارجة على بعد 232 كيلو متر جنوب أسيوط، جنوبي غرب مصر وتبعد نحو 263 كيلومتر عن مدينة أسيوط في اتجاه الصحراء الغربية وهي تشكل منخفضًا يبلغ 160 كيلومتر طولًا و 80 كيلومتر عرضًا .

تقع جبانة البجوات في شمال مدينة الخارجة وتحتل المنحدرات الجنوبية من جبل الطير وهي تعد الجبانة الرئيسية في الواحات الخارجة في العصور القديمة واستمرت كذلك حتى الفترة القبطية التي استخدمت فيها المدينة بقوة ويظهر ذلك جليا من جميع الشواهد المعمارية بالمنطقة .

ويرجح تاريخها ما بين القرن الثاني الميلادي حتى نهاية القرن السابع الميلادي مع العلم بأنها أقدم من ذلك وسوف تثبت الدراسات المستقبلية ذلك من خلال عمليات الكشف المحيطة بالمنطقة، وهي تتكون من 263 مزار ذات طرز معمارية مختلفة ومميزة يظهر بمجموعة منها بوضوح مهارة الفنان في تصوير مجموعة من موضوعات الكتاب المقدس على أسقفها بطريقة الفريسكو .

كما تضم المنطقة ضمن مزاراتها كنيسة تعد ثاني أقدم كنيسة بازيليكية في مصر ككل ، والمنطقة تشهد إقبالاً من السائحين والمهتمين بمجال الآثار إضافة لكونها مقصد لأهالي المدينة في المناسبات والأعياد .

أما باقى المناطق كما ذكر سالفا غير مفتوحة للزيارة وهي منطقة عين سعف ، وأبراج المراقبة ، ومنطقة عين جلال ، ومنطقة عين شفلة ، ومنطقة عين بشيو ، وطابية الدراويش ، ومنطقة عين الدار ، ومنطقة أبو شعيب الدخاخين ، ومنطقة شمس الدين ، ومنطقة جبل طفنيس .