يقع مسجد الملكة صفية بميدان الملكة صفية من شارع محمد علي، بالدرب الأحمر، والمنشئ  له هو عثمان أغا بن عبد الله أغاة دار السعادة، وتوفي عثمان أغا مملوك الملكة صفية قبل أن يكمل الجامع فعهدت الملكة إلى عبد الرزاق آغا ابن عبد الحليم آغاة دار السعادة برفع دعوى أمام القاضي تفيد أن عثمان اغا كان عبداً لها ومملوكا ولم تعتقه.

وصدر أخيرا حكم شرعي لصالحها وقامت بتعيين اسماعيل أغا ناظراً شرعيا على أوقاف الجامع وكلفته باتمام بناء الجامع فأتمه وكتب اللوحة التذكارية التأسيسية وثبتها فوق الباب الاوسط للقبة. والملكة صفية كانت أصلاً من أسرة بافو النبيلة في فينيسيا. وكان ابوها حاكما على جزيرة كورفو Corfou.كانت في رحلة بحرية في سفينة مع بعض السيدات النبيلات في طريقها إلى والدها، وتعرضت سفينتها لعملية قرصنة بحرية.

وكانت وقتها في الرابعة عشرة من عمرها وكانت فائقة الجمال. واستقر بها الحال إلى أن بيعت والحقت بالقصر الملكي في استانبول.. تقربت من السلطان مراد الثالث وتزوجها وفي 974هـ (1567م) ولدت له السلطان محمد خان الثالث. وقد تولى ولدها السلطان محمد خان السلطنة 1595م فزاد نفوذها ولعبت دورا في سياسة الدولة. وأوقف عليه أراضي وعقارات للصرف عليه.

مسجد الملكة صفية مرتفع عن مستوى الشارع حوالي أربعة أمتار وتخطيط مستطيل ينقسم إلى قسمين الشرقي مربع في وسطه ستة اعمدة من الجرانيت تحمل عقواً حجرية تحمل فوقها قبة كبيرة وهي من أندر القباب العثمانية في مصر ويبلغ ارتفاعها 17.6م، الجامع يتكون من صحن مكشوف حوله أربعة ايوانات غطيت بقباب صغيرة

ويتكون من ثلاثة ابواب أهمها الاوسط ويعلوه عقد مقرنص وعليه لوح رخامي كتابي يتضمن اسم المنشئه وتاريخ الانشاء واسم الناطر المشرف على الجامع. وفي الواجهات الثلاثة للصحن المكشوف الجنوبية والشمالية والغربية المبنية كلها من الحجر ابواب تؤدى إلى داخل الصحن، وواجهات الجامع تسودها البساطة.

قامت لجنة الآثار العربية في عصر الملك فؤاد الأول 1917 - 1935 بالكشف عن واجهات الجامع التي كانت قد اختفت خلف العديد من المنازل التي بنيت حول الجامع.. قامت اللجنة بنزع ملكية هذه المنازل وهدمتها وازالتها فظهرت الواجهات على أصلها ورونقها القديم بعد ترميمها.