يقع متحف المخطوطات بداخل مكتبة الاسكندرية، تم إنشاء المتحف عام 2002، يضم متحف المخطوطات قاعة العرض المتحفي والتي هي أحد أقسام متحف المخطوطات الذي يعد واحدًا من مراكز التواصل الثقافي المتخصصة بمكتبة الإسكندرية، ويعرض بها مجموعة من نفائس المخطوطات والكتب النادرة.

وتقع القاعة بمستوى B1 في قلب مكتبة الإسكندرية على مساحة 400 م2 وتضم 42 وحدة عرض تم إهداء بعضها من الحكومة الإيطالية، وتستوعب هذه الوحدات ما يقرب من 170 مخطوطة و30 كتابًا أو وثيقة نادرة، وهي مختارات تعكس ثراء محتوى المكتبة.

ويعتمد شكل العرض بالمتحف على مسارين متوازيين، والمسار الأول: يعرض به نماذج من المخطوطات والكتب التي تحمل في طياتها وصفًا لتطور الفكر عبر الحضارات، بدءًا من مصر القديمة، مرورا بالتراث اليهودي والمسيحي، ووصولا إلى التراث العربي الإسلامي. 

أما المسار الثاني، فيُعرض به مجموعة من المخطوطات التي تمثل فعاليات المؤتمرات الدولية السنوية التي ينظمها مركز المخطوطات، وهي مؤتمرات: المخطوطات الألفية، والموقَّعة، والشارحة، والمترجمة؛ تلك المؤتمرات التي تعتبر قبلةً للعلماء العرب والأجانب المهتمين بالدراسات التراثية.

ويمكن للزائر الاطلاع على نوادر المخطوطات من خلال مجموعة من الإصدارات الرقمية، التي تعرض بطريقة التصفُّح التخيلي، حيث يتمكن الزائر من الاطلاع على المخطوطة وتصفُّحها وتكبير أجزاء بعينها، وكذلك الاستماع إلى التعليق والشرح.

كما يُعرض بالمتحف نماذج لأعمال ترميم المخطوطات التي تتم داخل معمل الترميم، حيث يقوم متخصصون على درجة عالية من المهارة بترميم المخطوطات والكتب النادرة بأحدث التقنيات، ويضيء أحد جوانب متحف المخطوطات قطعتان من كسوة الكعبة الشريفة يبلغ طول الواحدة منهما 6 أمتار، ويرجع تاريخهما إلى عام 1936 م، وكان الملك عبد العزيز آل سعود قد أهداهما لرائد الاقتصاد المصري طلعت باشا حرب.

وزُينت جدران المتحف بمجموعة من الجداريات الرائعة لصور المخطوطات والمنمنمات، ومنها مخطوطة للإنجيل باللغة العربية في مدخل المتحف، مكتوبة بالخط الكوفي، ويرجع تاريخ نسخها لسنة 482 هجرية، ويلي هذه الصورة ثلاثة نماذج لمخطوطات للقرآن الكريم، لنسخ بديعة مزخرفة تمثل مجموعة من أبدع المخطوطات القرآنية.

وفي الجزء الخاص بالتراث اليهودي تُعرض لفافات من التوراة كتبت باللغة العبرية يرجع تاريخها للقرن الثامن عشر، ونسخة من توراة مطبوعة في مدينة فيرارا الإيطالية سنة 1553م، وفي الجزء الخاص بالتراث المسيحي يضم المتحف نسخة طبق الأصل من الكتاب المقدس المحفوظ بالفاتيكان، والذي يرجع تاريخه إلى القرن الرابع الميلادي، كما يُعرض أيضا مخطوط للإنجيل مكتوب باللغة العربية يرجع إلى القرن السابع عشر. 

أما الجزء الخاص بالتراث العربي فيُعرض جانب من المخطوطات الإسلامية، وتتمثل في مجموعة من المصاحف الشريفة التي يرجع تاريخها إلى القرن العاشر الهجري، مشكولة ومؤطرة وبها زخارف بديعة، كما تعرض بالمتحف مخطوطات العلوم القرآنية والفقه والحديث والتصوف، و يعرض أيضًا جانب من إسهامات العلماء العرب في مجال العلوم، فنجد مخطوطات في الطب للرازي وابن سينا وابن النفيس، وفى الرياضيات للطوسي وقاضي زاده الرومي.