يقع مسجد الحاكم بأمر الله، في بداية شارع المعز قبالة الجدار الشمالي الفاطمي لمدينة القاهرة القديمة في مصر، على بعد خطوات قليلة من بوابة الفتح وبوابة النصر.

وفي وقت تشييد المسجد، كان حينها يقع خارج الجدران المبنية من الطوب والتي طوقت المدينة بأمر من جوهر الصقلي، قائد جيوش الخليفة الفاطمي المعز لدين الله عام 970م.

أما في عام 1088م قام بدر الدين الجمالي, وزير الخليفة الفاطمي المستنصر, بتوسيع المدينة على الطرفين الشمالي والجنوبي لمسافة 150 م وبناء جدران جديدة متجهة إلى الجدار الشمال الشرقي للمسجد ليتم دمجه داخل المدينة.

بدأ تشييد المسجد خلال الفترة ما بين 975 و 996 وتم الانتهاء منه في 1012 م في عهد الأسرة الفاطمية بأمر من الخليفة العزيز بالله ومن بعده ابنه الخليفة الحاكم بأمر الله حيث يتميز بالعديد من العناصر المعمارية والزخرفية التي شوهدت في مساجد شمال أفريقيا والأندلس ( مثل مسجد المهدية في تونس ومسجد قرطبة في الأندلس) وكذلك في جامعي ابن طولون والأزهر في مصر.