يضم المتحف المصري الكبير كنوزًا نادرة ستضيء جنبات المتحف يوم الافتتاح ومنها:
- المجموعة الكاملة لمقتنيات الملك توت عنخ آمون في قاعة مخصصة.
- قناع الملك توت عنخ آمون وهو أغلى وأقيم قطعة أثرية في تاريخ البشرية.
- لوحة الملك نارمر "مينا" التي ترمز لتوحيد مصر بنقوشها الفريدة.
- تمثال الملك رمسيس الثاني العملاق في البهو العظيم بالمتحف.
- المسلة المُعلقة التي تحمل أسفلها خرطوشًا فريدًا للملك رمسيس الثاني.
- مجموعة من توابيت الملوك والأمراء الأفريدة والتي تتضمن نقوشًا مميزة.
- مركب الملك خوفو الثاني التي ستُعرض لأول مرة داخل المتحف الكبير.
- متحف مراكب الشمس، والذي يضم مركب خوفو الأولى والثانية.
- عمود الملك مرنبتاح الذي يُعرض في البهو العظيم بالمتحف الكبير.
- مجسّم كبير لنهر النيل والذي يُعرض في قاعة مخصصة داخل المتحف.
