الآثار الغارقة، إرث مصري وتاريخ حضاري لا ينتهي،  ذلك لأنها فريدة في طبيعتها ونوعية ما تمتلكه من مقتنيات أثرية تبهر العالم.

وتوجد الآثار الغارقة تحت مياه البحار والبحيرات ونهر النيل، بسبب غرق سفينة أو مبنى، أو تغير مسار النيل، أو عوامل النحر للشواطئ البحرية، أو سقوط قطع أثرية في المياه.

واستحدثت وزارة الآثار إدارة خاصة بها في المجلس الأعلى للآثار بعد الاكتشافات الهامة في مياه البحر المتوسط بالإسكندرية في عامي ١٩٩٥و١٩٩٦م حينما كُشف عن بقايا فنار الإسكندرية بجوار قلعة قايتباي، والحي الملكي تحت مياه الميناء الشرقي على التوالي،  وكان من أفراد تلك الإدارة، مجموعة من شباب مفتشي الآثار الذين حرصوا على التدريب على الغوص بمساعدة جمعية الآثار بالإسكندرية، وهكذا تشكلت الإدارة من مجموعة من الأثريين محترفي الغوص، من خريجي كليات وأقسام الآثار بكافة التخصصات المصرية واليونانية والرومانية والقبطية والإسلامية.

ومن أشهر الآثار الغارقة في مصر، وفي أعماق خليج أبو قير بمحافظة الاسكندرية ، ترقد أطلال مدينتي كانوب وهرقليون الغارقتين، منذ القرن الثامن الميلادي.

وبداية يقع خليج أبو قير، على مسافة حوالي 26 كيلومتراً إلى الشرق من الميناء الشرقي بمحافظة الإسكندرية، حيث اكتُشفت أطلال المدن الغارقة، مثل مدينة هرقليون، التي تقع شمال شرق شاطئ أبو قير، وأطلال مدينة كانوب، ومنها معبد وأجزاء تماثيل آلهة مصرية من العصرين البطلمي والروماني، ووقعت المدينتان تحت رحمة الكوارث الطبيعية، وغرقتا بأعماق البحر المتوسط ​​منذ أكثر من ألف عام.

 وفي عام 2000، تم اكتشاف أطلال المدينة والميناء اللذين كانا يقعان على مصب الفرع الغربي لدلتا نهر النيل.

وقد حملت تلك المدينة اسم " ثونيس- هرقليون"، نسبةً إلى المعبود هرقل، وهو المقابل اليوناني للمعبود "آمون جرب"، والذي انتشرت عبادته في المنطقة، وكان يعد بمثابة المعبود الحامي للمدينة.

وبدأ البحث في عام 1996، وقد استغرق رسم خريطة للموقع بأكمله عدة سنوات، وأسفر عن هذا الاكتشاف معلومات هامة عن المعالم القديمة، وهو أن هرقليون وثونيس في الحقيقة هما اسمين لمدينة واحدة، إذ ينسب هرقليون للاسم اليوناني، بينما يُنسب ثونيس للاسم المصري.

ويتضح من كمية  المواد الأثرية المستخرجة من الموقع أن جمال المدينة ومجدها، وروعة معابدها الكبرى، شهدت وقتاً من المجد والفخامة ، ويمكن استنتاج ذلك بسهولة من كمية العملات المعدنية، والمجوهرات، والسيراميك، بالإضافة إلى التماثيل الضخمة، والنقوش، والآثار المعمارية، والخزف.

وعُثر على لوحة تذكارية من العصر البطلمي تضمنت اسم المدينة ومقدار الرسوم التي كانت تدفع مقابل الرسو أو المرور على الميناء، وكذلك ما يخصص من هذه الرسوم لمعبد هرقل.

وعثر أيضاً على حطام أكثر من 70 سفينة، وأكثر من 700 مرساة قديمة.