انتقد الدكتور خالد نجاتي رئيس الجمعية المصرية لدعم المشروعات الصغيرة والمتوسطة قرار تأسيس جهاز المشروعات الصغيرة والمتوسطة لافتا الى ان القرار لم يوضح مسئولية الجهاز عن القطاع غير الرسمي ولم يتم الاشارة إليه نهائياً سواء في اختصاصات مجلس الادارة او مجلس الامناء ، والذي يعتبر معظمه من المشروعات الصغيرة والمتوسطة ، مطالباً ان يولي الجهاز أهمية كبيرة لهذا القطاع وتوفير المحفزات لهذا القطاع للانضمام الي القطاع الرسمي ، وكذلك ورد في القرار نصاً ان من سلطات الجهاز وضع معايير تصنيف المشروعات بحسب حجم الاعمال وراس المال وعدد العمال او وفقا لاي من هذه المعايير ،
وأضاف فى بيان له انه يجب ان يكون هناك توحيد لتعريف المشروعات الصغيرة والمتوسطة ما بين الادوات التمويلية المصرفية وغير المصرفية ، فقد تتعامل البنوك مع بعض المشروعات علي انها مشروعات متوسطة بينما في الادوات التمويلية غير المصرفية المتمثلة في التأجير التمويلي التخصيم وغيرهما تتعامل مع هذه المشروعات علي انها مشروعات صغيرة مما يربك أصحاب المشروعات وبالأخص أن مبادرات المركزي قد حددت أليه مختلفه لكل منهما.
وطالب " نجاتي " ان يكون نواب رئيس الجهاز من كافة القطاعات وليس من وزارة الصناعه ، فهناك فرق بين الصناعات الصغيرة والمتوسطة من جهه وبين المشروعات الصغيرة والمتوسطة من جهة أخري وهي الأعم والأشمل ، فالصناعات الصغيرة والمتوسطة تتمثل في المشروعات الصناعية ، بينما المشروعات الصغيرة والمتوسطة قد تكون صناعيه أو تجاريه أو زراعية او سياحية وخلافه ، وبالتالي فهذا الجهاز يجب ان يهتم بكافة القطاعات وليست الصناعية فقط لذلك وإن كان رئيس الجهاز هو وزير الصناعه المختص
واشار الى انه يجب ان يكون النواب الذين نص عليهم قرار التأسيس من القطاه الزراعي والسياحي وخلافه ، حتي لا يتم تحويل الجهاز من " جهاز تنمية المشروعات الصغيرة والمتوسطة " إلي " جهاز تنمية الصناعات الصغيرة والمتوسطة " ، فلابد إن يكون النواب من القطاعين الزراعي والسياحي ليكون بذلك أهتم بكافة القطاعات.