يقع جامع الوادي المقدس "طوى" في الجزء الشمالي الغربي داخل دير سانت كاترين ويواجه الكنيسة الرئيسية، وقد انشأه ابى المنصور أنوشتكين الأمري نسبة إلى الخليفة الآمر بأحكام الله في عام 1101 _ 1106م، ويعد بناء الجامع داخل الدير ثمرة للعلاقات الطيبة بين المسلمين والمسيحيين التي بلغت ذروتها في العصر الفاطمي ليصلي فيه قبائل سيناء ومنهم قبيلة الجبالية نسبة لجبل موسى والمختصين بأمور الدير
وكذلك القبائل خارج الدير كما أن حب الفاطميين لإنشاء المساجد في الأماكن المباركة دفعهم لإنشاء هذا الجامع بالوادي المقدس طوى.ويقول الراهب "جاك الفيروني" الذي زار الدير عام (1335م): (إن المسجد قائم ببرجه- مئذنته- وهناك يمارس رجال الدين المسلمون شعائرهم دون اعتراض من الرهبان الخاضعين للسلطان المسلم)،
والوصف المعمارى للجامع مستطيل جداره الجنوبي 9.88م، الشمالي 10.28م، الشرقي 7.37م، الغربي 7.06م وارتفاعه من الداخل 5.66م ينقسم لستة أجزاء بواسطة عقود نصف دائرية من الحجر الجرانيتي المنحوت ثلاثة عقود موازية لجدار القبلة وأربعة متعامدة عليه.
كما يوجد بالجامع ثلاثة محاريب، الرئيسى متوج بعقد ذو أربعة مراكز كالموجود في الجزء القديم من الجامع الأزهر، وله منبر خشبي آية في الجمال يعد أحد ثلاثة منابر خشبية كاملة من العصر الفاطمي الأول وهي منبر جامع الحسن بن صالح بالبهنسا ببني سويف والثاني منبر الجامع العمري بقوص، كما يشبه المنبر الخشبي بمسجد بدر الدين الجمالي الذي يعود تاريخه إلى 484هـ ، 1091م المنقول من عسقلان إلى الحرم الإبراهيمي بفلسطين، والمئذنة من الحجر الجرانيتى تتكون من دورتين قطاعهما مربع .
الكرسي يتكون من شكل هرم مقطوع نُقِشَ على جوانبه سطران بالخط الكوفي أيضا، سَطْرٌ من أعلى، وسطر من أسفل وفيهما اسم باني المسجد وما له في سيناء من مآثر(11)، كما يوجد في محراب المسجد حجر من المرمر الصَّقلِّيّ مدون عليه بعض أسماء الزوار المسلمين ، والكتابات المسجلة بالحبر الأحمر على محراب المسجد مكتوبة بالخط الثلث.
