يقع مسجد المؤيد شيخ بشارع المعز لدين الله الجنوبى بجوار باب زويلة، وقد أنشأه السلطان المؤيد شيخ المحمودي في 818هـ، والسلطان المؤيد أبو النصر شيخ المحمودي الجركسي، ولد حوالي سنة 770هـ (1368م)، جُلب إلى القاهرة سنة 1381م وكان عمره لا يتجاوز 12 سنة واشتراه محمود شاه اليزدي.

وكان يشتغل في شراء وبيع المماليك وحمل اسم المحمودي نسبة إلى محمود شاه، اشتراه السلطان برقوق وهو أمير قبل أن يتولى السلطنة، فاعتقه وعلمه الفروسية وفنون القتال، وترقى المؤيد في الوظائف فعين نائبا لطرابلس ثم نائباً للشام، وفي سنة 815هـ (1412م) اعتلى كرسى السلطنة وظل سلطانا حتى وفاته سنة 1412.

ويحيط بصحن الجامع أربعة أروقة كانت قد تخربت ما عدا الرواق الشرقي وهو رواق القبلة وقد أعيد تجديد الأروقة الثلاثة الغربي والشمالي والجنوبي، والمدخل الرئيسى حيث أمر المؤيد بتركيب الباب على المدخل الرئيسي للمسجد والباب ضخم يبلغ ارتفاعه 6 أمتار ومازال يحمل اسم السلطان حسن وتاريخ صنع الباب سنة 764هـ (1362م)، وهو من الأبواب الفخمة الغنية بالزخارف وفي مقابل نزعه باب جامع السلطان حسن أوقف على الجامع ريع قرية قها بالقليوبية للصرف منه عليه.

أما عن المحراب فهو مكسو بالرخام الملون إلى جواره والمنبر كبير من الخشب مطم بالصدف، أما عن القبة فهي شاهقة الارتفاع مبنية بالحجر سطحها الخارجي مزخرف، وتحت هذه القبة قبران دفن بواحد منها ثلاثة من أبناء المؤيد شيخ، والقبر الثاني دفن به المؤيد شيخ.

وللجامع 4 واجهات شاهقة، الواجهة الشرقية هي الواجهة الرئيسية ويوجد في الطرف الشمالي منها المدخل الرئيسي، مركب عليه باب بمصراعين من الخشب المصفح بالنحاس بزخارف مكفتة بالذهب والفضة، واشترى المؤيد شيخ باب جامع السلطان الذي بُنى سنة 1361م ومعه تنور ضخم من النحاس.

ونظراً لأن الجامع بُنى مُلاصقاً لباب زويلة، فقد استغل مهندس الجامع بُرجي الباب وجعلهما قاعدتين لمئذنتي الجامع وقد انتهى بناء المئذنة الشرقية في رجب سنة 822هـ (1419م) وانتهت المئذنة الغربية في شعبان سنة 823هـ ( 1420م) سجل مهندس المئذنتين اسمه عليهما وهو محمد بن القزاز، واسم السلطان وتاريخ البناء.

 و كانت الدورة الثالثة من كل مئذنة قد تهدمت وأعادت بناءهما لجنة حفظ الآثار العربية بعد سنة 1881م، وكان موقع الجامع سجنا عُرف باسم خزانة شمائل سُجن فيه المؤيد وقت أن كان أميراً وقاسى فيه الشدائد فنذر وهو في محنته أن نجاه الله تعالى أن يهدم سجن شمائل ويبنى مكانه جامعاً.

وبدأ التلف يحل بالجامع منذ القرن السابع عشر، وتخرب الجامع، وبصفة خاصة سنة 1665 وكان يحكم مصر الحاكم العثماني عمر باشا وتحصن بالجامع جماعة من المخربين المعروفين بـ"الزرب" وأشاعوا الفساد فأمر الباشا بضرب الجامع بالمدافع بعد أن استفتى رجال الدين.

وقد أصلح ما تخرب من الجامع وجدده الوالي العثماني أحمد باشا سنة 1690م. ومنذ سنة 1690 بدأت أعمال التجديد والإصلاح بالجامع، وبحلول القرن التاسع عشر كان الجامع وأروقته في أسوأ حالات التخريب وتناولته يد التجديد في عصر الخديوي إسماعيل والخديوي محمد توفيق.