يقع دير المحرق على بعد حوالي 12 كيلومترًا غرب مدينة ومركز القوصية بأسيوط ، وتجمع كل المصادر الكنسية والتاريخية على أنه آخر بقعه في صعيد مصر بلغتها العائلة المقدسة في رحلتها التاريخية المباركة من الشمال إلى الجنوب والتي تحولت إلى هيكل كنيسة العذراء الأثرية.

ويعتبر الدير أحد النقاط الهامة في رحلة العائلة المقدسة إلى مصر خلال رحلة هروبها من بيت لحم في فلسطين، حيث تعتبر الفترة التى قضتها العائلة فى هذا المكان من أطول الفترات، حيث مكثت العائلة المقدسة في الدير فترة تُقدر بـــ "6 شهور و 10 أيام" .

وبعد مكوث العائلة المقدسة تشيد الدير وبُنيت فيه كنسية العذراء الأثرية وأول مذبح فى العالم وهو الحجر الذى كان يجلس عليه المسيح، وتعد المغارة التي سكنتها العائلة هي أول كنيسة في مصر بل فى العالم كله، حيث تم بناءها عام 38 ميلاديًا، ويحتوي الدير على خمسة كنائس بالإضافة إلى كنيسة الحصن، اندثرت أثنتان منها في عصور غابرة.

وأشتهر دير المحرق بدير جبل قسقام، وقسقام أسم قديم منذ عصر الفراعنة وهو يتكون من مقطعين "قُس وقام"، وقس هى اسم مدينة اندثرت حاليا كانت عاصمة الولاية الرابعة عشرة من الولايات الـ 22 التى كان مقسما بها صعيد مصر، وتعود شهرة الدير باسم دير المحرق إلى أن الدير كان متاخمًا لمنطقة تجميع الحشائش والنباتات الضارة وحرقها.

وتقدر مساحة الدير بحوالي 20 فدان تقريبا وبذلك فهو يعتبر من أكبر الأديرة الموجودة في صحراء مصر بأكملها، ويحيط بالدير سور خارجي بداخله ساحة الاحتفالات وعمارة للضيافة، وحديقة، ثم سور آخر يحيط بالدير وينقسم الدير من الداخل إلى ثلاثة أقسام بواسطة أسوار داخلية: يحتوي القسم الخارجي منها على كنيسة السيدة العذراء الجديدة، وعمارة للضيافة، وديوان الوكيل ومتعلقاته ومكتبات لبيع إصدارات الدير، وبعض الملحقات الخدمية من حظائر للمواشي ومخازن الوقود وغيرها، أما القسم الأوسط من الدير فهو يحتوي على قصر الضيافة وبعض الحدائق وخلفه يوجد المائدة، أما القسم الأخير فيحتوي على كنائس الدير وقلالي الرهبان.