حذر الدكتور محمد شرف استشارى الطب الطبيعى من تناول المضادات الحيوية بكثرة وبدون استشارة طبية؛ لأنها تؤدى إلى نقص بعض أنواع الفيتامينات التى يتم تصنيعها فى الجسم بواسطة البكتيريا الموجودة بصورة طبيعية فى الأمعاء الغليظة مثل فيتامين حمض الفوليك، وفيتامين "ب12"، والبيوتين، وفيتامين "ك2"؛ مما يعرض الجسم لظهور أمراض نقص هذه الفيتامينات بالرغم من تناول الغذاء الطبيعى الغنى بهذه الفيتامينات.