روى الموسيقار هاني شنودة قصة اعتقاله في عام 1966 حين كان لا يزال طالباً جامعياً في كلية التربية الموسيقية، حيث اتهموه بالانضمام لجماعة الإخوان المسلمين والتيارات الإسلامية المتشددة، رغم أنه لا علاقة له بهم.

أوضح شنودة خلال حواره مع الإعلامية منى الشاذلي في برنامج "معكم منى الشاذلي" على قناة cbc، أنهم لم يدركوا أنه مسيحي بالرغم من اسمه، قائلا: "مكنش لسه البابا شنودة بقى بابا، فالاسم مكنش منتشر في مصر إنه مسيحي، مكنش اسم يدل على ديانة معينة".

تابع: "كان دراسة البنات والولاد للتربية الموسيقية في كليات منفصلة، وفي آخر سنة ضموا الولاد والبنات في معهد واحد، ودونا مبنى البنات.. بس أنا مكنتش موجود كنت في الأقصر بلعب بيانو مع الفرقة بتاعتي".

أضاف: "لما رجعت لقيتهم واقفين محتجين مش راضيين يدخلوا غير لما يجيلهم حد من التعليم العالي لأن دول بياخدوا المقررات بطريقة والتانيين بياخدوها بطريقة مختلفة، ودول عاوزين يطلعوا معيدين وحوارات مليش فيها خالص".

وأشار هاني شنودة إلى أنه في صباح اليوم التالي فوجئ بقوات أمنية تلقي القبض عليه من منزله، مضيفا: "أتاريه في نفس الوقت في إضراب في جامعة الأزهر وعين شمس فضموا دول علي دول.. قعدت 3 أيام".

تابع: "وبعدين في التحقيق بيسألني جاي ليه فبقوله مشكلة المعهد، وأنا فاكر ان هما جايبيني عشان مشكلة المعهد اللي مليش فيها، قام ضربني قفا لزقت في الحيطة، وقالي ايه يا هاني تتنازل عن تفسيراتك المشبوهة للقرآن؟ قلت له آه أتنازل.. خوفت أقوله إني مسيحي أصلا فيدخلني مع الشيوعيين".