تكلمت القليل من المراجع عن فيثاغورث وأعماله والمدرسة العلمية التي أنشأها في حياته والتي بدورها أتبعت مبادئه سواء في الناحية العلمية أو الأخلاقية فكانت طلاب مدرسة فيثاغورث يعيشون دائما في تقشف وفقا لماهية المأكل والمشرب والتراتيل الدينية وغيرها.
تتقبل مدرسة فيثاغورث الرجال والنساء معا سواء كانوا يونانين أو أجانب جائوا من خارج البلاد لأجل التعلم واللذين يربطهم الإهتمامات المشتركة، وقد نقل أحد الباحثين ويدعى برنت عن المنهاج الذي كان يتعبه أصحاب هذه المدرسة: بأنهم يعتبرون أن الجسد هو مقبرة للروح وأن الروح تكون محبوسة بالجسد إلى أن تتحرر في يوم من الأيام.
ونقل أيضا عنهم: بأنه لا يجوز للإنسان الهروب من العالم المادي بالإنتحار لأننا لسنا ملك أنفسنا بل نحن ملك الخالق، وأن خير الناس من جائوا إلى هذه الدنيا لأجل أن يعلموا ما الذي يجري بها وذلك أشارة إلى ضرورة تعلم جميع الأشياء التي تساعد الإنسان على الإرتقاء.
وقد حدد أبناء تلك المدرسة أن أعلى درجات التطهير النفسي هو العلم ولكن المقصود بالعلم هنا، هو الذي لا يجعل هوى النفس وشهواتها أساسه، وقد أرشد فيثاغورث طلابه إلى منهج علمي تدريبي وكان من أهم هذه الإرشادات هي تقديس النفس وتهذيبها، وتطهيرها عن ما هو مادي.
ربط فيثاغورث بين الدين والمعرفة والشعائر، وشدد على طلابه إذا أرادوا المعرفة الحقة أن يتجهوا إلى العلوم الرياضية والفلكية والطبية والموسيقية، قد أشار فيثاغورث إلى أنه يقبل النساء في مدرسته العلمية، فلم ينس أبدا تعليمهم الفلسفية والأمومة وتدبير المنزل، وقيل أن النساء اللاتي تخرجن من مدرسته كانوا يعدوا من أرقى النماذج التي أخرجتها بلاد اليونان في جميع عصورها.
وطبقا لكتاب "في سبيل موسوعة فلسفية فيثاغورث" للدكتور مصطفى غالب، فقد كانت مدرسة فيثاغورث أقرب ما يكون للدير، فكان كل من يدخلها من التلاميذ يجب أن يقسم يمين الطاعة للأستاذ وزملائهم أيضا، وكان من أهم القوانين المعمول بها عندهم هي تحريم أكل الفول واللحوم والسمك، بالإضافة إلى شرب الماء بكثرة.
وشدد فيثاغورث على طلابه أن لا يقتلوا حيوانا أو يتعرضوا بالأذى لأي إنسان مهما كانت الدوافع وحثهم على عدم إتلاف إي من المزروعات، وكان يطلب منهم أن يبتعدوا عن الكبرياء والأنانية، ولم يبح لهم أن يقسموا بالألهه تحت أي ظرف، لأنه يجب أن يحيا الإنسان بحياة كريمة يجعل الناس تصدقه دون أن يلجأ إلى القسم.
وصى فيثاغورث أتباعه أن يسألوا أنفسهم في نهاية كل يوم عما أقترفوه من الذنوب وأيضا عما فعلوه من الخير، وكان الإنضمام إلى المجتمع الفيثاغورثي يتضمن تطهير النفس أولا وكبح الشهوات، وعرف عن فيثاغورث ومدرسته المحاضرات الشفهية ولم يتركوا أبدا أي نوع من أنواع الكتب أو الرسائل العلمية.
عرف عن الفيثاغوريين الإيمان بتناسخ الأرواح ولذلك حرموا أكل اللحوم والأسماك وغيرها من الأطعمة، وذلك لإعتقادهم أن أرواح أجدادهم ربما دخلت بأجساد هذه الحيوانات، وقد حدد فيثاغورث معالم وإرشادات لكي يتبعها من هم على شاكلته وهي: الإمتناع عن أكل الفول، والتحذير من التقاط إي شيء على الأرض، ألا يكسر الخبز، ألا يوكل رغيف كامل، وعدم سماح للعصافير أن تبني أعشاشها فوق منازلهم.