شهدت الحلقة الثالثة من المسلسل تطورات درامية لافتة، إذ عادت الأحداث إلى فترة سجن سيد قطب، حيث يظهر خلال أحد المشاهد وهو يتلقى زيارة من محمود عزت بحجة علاجه، لكنه في الواقع يحصل منه على توجيهات سرية يقوم لاحقًا بإرسالها إلى عناصر الجماعة في الخارج، تتضمن تعليمات بإحداث حالة شلل داخل الدولة.
وتنتقل الأحداث بعد ذلك إلى مرحلة ما بعد الثورة، حيث تداهم قوات الأمن وكرا لعناصر إرهابية وتنجح في القبض عليهم، قبل أن يتكشف لاحقا أن الموقع لم يكن سوى كمين مُعد مسبقًا لاستدراج القوة الأمنية، ضمن خطة وضعها عزت بالتعاون مع أحد العناصر، بحيث يعترف، في حال القبض عليه،بأن هذا المكان هو مخبأ "رأس الأفعى".
وفي خط درامي إنساني مواز، يسلّط العمل الضوء على الحياة الشخصية للضابط مراد، الذي يجسده أمير كرارة، حيث يعيش مع والدته وابنته بعد وفاة زوجته، بينما يظهر مساعده الضابط حسن، الذي يؤدي دوره أحمد غزي، في جانب مختلف من حياته، إذ تجمعه علاقة عاطفية بإحدى جيرانه التي تؤدي شخصيتها جلا هشام، ما يضيف بعدا اجتماعيا وإنسانيا للأحداث المتصاعدة.
مسلسل رأس الأفعى مكون من 30 حلقة، وهو من بطولة أمير كرارة، شريف منير، أحمد غزي، كارولين عزمي، ماجدة زكي، مراد مكرم، إسلام جمال، وعدد كبير من الفنانين، وتأليف هاني سرحان، وإخراج محمد بكير، وإنتاج شركة سينرجي.