قررت المحكمة العسكرية المنعقدة مد أجل النطق بالحكم على 48 متهماً في خلية تفجير الكنائس، والتي تضم تفجير الكنائس بالإسكندرية، وطنطا، والعباسية، وتفجير كمين النقب بالوادي الجديد في القضية رقم 165 عسكرية الإسكندرية لـ 12 سبتمبر.

كانت المحكمة قد قضت بإحالة أوراق 38 متهماً من أصل 48 متهماً لفضيلة مفتي الجمهورية لإبداء رأيه الشرعي الاستشاري في إعدامهم شنقاً.

كان المستشار نبيل أحمد صادق النائب العام، أمر بإحالة 48 متهمًا، إلى القضاء العسكري، لاتهامهم بتولي بجماعة (داعش) الإرهابية وتأسيس خليتين لها بمحافظتي القاهرة وقنا، والانضمام إليها والمشاركة فيها، وارتكابهم وقائع تفجير الكنائس الثلاث (البطرسية بالعباسية والمرقسية بالإسكندرية ومارجرجس بالغربية)، وقتل والشروع في قتل مرتاديها وقوات تأمينها والهجوم على كمين النقب، وقتل عدد من القائمين عليه من قوات الشرطة، والشروع في قتل الباقين، والاستيلاء على أسلحتهم وتصنيعهم وحيازتهم سترات وعبوات مفرقعة وأسلحة نارية وذخائر والالتحاق بتنظيم داعش الإرهابي خارج البلاد، وتلقيهم تدريبات عسكرية بمعسكرات تابعة للتنظيم بدولتي ليبيا وسوريا.

وكشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا بإشراف المستشار خالد ضياء الدين المحامي العام الأول للنيابة، من خلال اعترافات المتهمين والمعاينات لمواقع الأحداث والأماكن المحيطة بها، والتقارير الفنية وتقارير مطابقة البصمات الوراثية أن الانتحاري محمود شفيق محمد مصطفى هو مرتكب واقعة تفجير الكنيسة البطرسية بالعباسية بتكليف من القيادي بالتنظيم مهاب مصطفى السيد قاسم، حيث حضر الانتحاري من محافظة شمال سيناء بعد أن نقله عضو التنظيم محمود حسن مبارك بسيارته ماركة هيونداي فيرنا ذهبية اللون، وأقام بمسكن المتهم رامي محمد عبد الحميد عبد الغني بمنطقة الزيتون بمحافظة القاهرة.