خروج عناصر التنظيمات الإرهابية والإسلامية من السجون تبعته هجرتان خطيرتان، الهجرة الأولى فريق هاجر داخل الأراضي المصرية عائدًا لأفكار شكري مصطفى، أما الثانية فكانت لفريق هاجر إلى أفغانستان، بحسب التقرير المصور الذي اذاعته قناة الغد حول الجماعات الإسلامية وأفعالهم الإجرامية على مر العصور.
فيما قال نبيل نعيم، القيادي السابق بمجموعة الجهاد المصري، ونائب أيمن الظواهري في تنظيم القاعدة سابقًا، إنه هو المسؤول الأول عن سفر المجاهدين إلى أفغانستان، بعدما قاموا بدراسة مقتل السادات داخل السجن، واقروا أنه بعد مقتل رئيس الجمهورية آنذاك الأوضاع لم تتغير وأنهم بهذه الطريقة لن ينالوا السلطة أو الحكم.
وأضاف نعيم، أننا تأكدنا أن ما نقوم به ليس له هدف ويسمى جهاد الفساد، وغيرنا قبلتنا إلى فلسطين وأفغانستان، وذلك عن طريق هيئة الإغاثة بالسعودية التي كانت تسهل للمجاهدين الانتقال إلى أفغانستان ومن ثم الانضمام للمعسكرات الجهادية وتنفيذ العمليات.
ومن جانبه قال مختار نوح، القيادي السابق بجماعة الإخوان المسلمين، إن الجماعة هي التي كانت تقود عملية تجنيد المجاهدين، وكانت تساهم في إرسال الأفواج الجهادية إلى أفغانستان، مضيفًا أن التنسيق بين الرئيس السابق حسني مبارك وجماعة الإخوان المسلمين كان عميقًا جدًا رغم أنه كان من وراء الستار.