محمد فوزي أكثر ضباط الجيش قدرة على فرض الانضباط والضبط والربط، ولذلك اختاره الزعيم جمال عبدالناصر مديراً للكلية الحربية، وبعد نكسة يونيه 1967 اختاره عبدالناصر قائداً عاماً للقوات المسلحة ثم وزيراً للحربية.
ونجح بالمشاركة مع الشهيد عبدالمنعم رياض في إعادة بناء القوات المسلحة، وبث الثقة في نفوس كل الضباط والجنود الذين تعرضوا لظلم شديد عندما لم يمنحوا فرصة مواجهة العدو أثناء معارك 1967.
واستطاع فوزي من خلال قدراته الفائقة علي فرض الضبط والربط أن يجعل عشرات الآلاف من الضباط والجنود والصف علي قلب رجل واحد، وكان الزعيم جمال عبدالناصر يتصل به يومياً أكثر من أربع مرات، ويجتمع أسبوعياً مع كل قادة الجيش.
وعندما رحل عبدالناصر استمر فوزي في أداء مهمته المقدسة إلا أن أدخله الرئيس السادات فيما سمى"قضية مراكز القوي" وكان الفريق فوزي قد ترك الجيش المصري وهو قادر علي خوض المعركة الفاصلة مع العدو، وبعد حرب أكتوبر كان الفريق أول محمد فوزي أول من أفرج عنهم من المجموعة التي أسماها الرئيس "مراكز القوي".