يرجع تاريخ معهد الحمراء الأثري، القابع على ضفاف النيل بمحافظة أسيوط، إلى عام 1915، حيث أصدر السلطان حسين كامل مرسوما ملكيا بإنشاء معهد أسيوط الديني العلمي الإسلامي، عام 1915.
بدء تشغيل المعهد قبل الشروع في الإنشاء على ضفاف النيل بمدينة أسيوط، وضم دارا للسينما تقدم أفلام تعليمية، وفقا لاسم المعهد، إلا أنها توقفت بعد ثورة 1952، وكانت تقدم أفلاما علمية للطلاب، والآن تستخدم قاعة محاضرات لطلاب الثانوية بالقسمين العلمي والأدبي.
يضم المعهد مسجدا ومبنى للدراسة وسكنا للطلاب ومكتبة علمية، تضم 1000 كتاب مختوم بختم السلطان حسين كامل، كما يضم دفتر تشريفات ملكية، موقع فيه من الملك فؤاد الأول، والملك فاروق الأول، والرئيس محمد نجيب ، ومخافظي أسيوط، وبعض شيوخ الأزهر الذين زاروا المعهد.
تولي مشيخة هذا المعهد الأثري حتى الآن، 39 شيخا بينهم اثنين شغلا منصب الإمام الأكبر، وهما: فضيلة الشيخ محمد الأحمدي الظواهري، وفضيلة الشيخ محمد حمروش.
مباني المعهد مشيدة على غرار قصر الحمراء في غرناطة بالأندلس، وهو آخر قصور الخلافة الإسلامية في الأندلس، وعرف آنذاك بمعهد الحمراء، ولما زار الملك فؤاد الأول محافظة أسيوط، تم إطلاق اسمه على العديد من المنشآت مثل: قناطر أسيوط الآن، والتي كانت تسمى قناطر الملك فؤاد الأول وجامعة أسيوط الآن، وكانت تسمى جامعة الملك فؤاد، ومحطة قطار أسيوط التي كانت تسمى محطة فؤاد الأول.
وكانت مستشفى الحميات بأسيوط مملوكة للأزهر، ومنطقة الحمراء على ضفاف النيل ملك لمصلحة خفر السواحل، وتمت المقايضة، ليمتلك الأزهر الشريف أرض الحمراء، المقام عليها المعهد بمساحة 4 أفدنة، و8 قراريط، وسهمين.
واكتسبت فيما بعد منطقة جنوب مدينة أسيوط، اسم الحمراء نسبة إلى المعهد، التي تضم الآن شركة مياه الشرب والصرف الصحي، ومحطة كهرباء أسيوط البخارية، ومرسى العبارات النهرية، وشارع الكاتب الصحفي أحمد بهاء الدين، وسوق الباعة الجائلين.
وقال فضيلة الشيخ أحمد عبد العظيم، مدير عام المعهد الديني العلمي الأزهري، إنه تم استحداث "الرواق الأزهري"، من قبل إدارة مشيخة الأزهر، حيث يعمل في الفترة المسائية ويقدم خدمة تحفيظ القرآن الكريم، لكل طبقات الشعب منذ 5 سنوات، والمخفظون مجازون في علم القراءات والتجويد برعاية مشيخة الأزهر، ومع انتشار وباء كورونا تم تشغيل الرواق أونلاين.