حرص الرئيس عبدالفتاح السيسي منذ توليه مقاليد الحكم على ترسيخ مبدأ المواطنة والتأكيد على روح الوحدة الوطنية التي تجمع بين جموع المصريين من خلال العمل الجاد والتواجد في كافة المناسبات، وإصدار القوانين والتشريعات المنظمة لبناء الكنائس، إلى جانب إصدار قرارات جمهورية بإنشاء هيئة للأوقاف الكاثوليكية والإنجيلية.
كما أن الرئيس السيسي هو أول رئيس جمهورية في مصر يحرص على حضور احتفالات الأقباط بعيد الميلاد المجيد وزيارة الكنيسة منذ أن أصبح رئيسا لكل المصريين، فضلا عن اهتمامه ببناء الكنائس في المدن الجديدة، والعمل على تقنين أوضاع الكنائس وملحقاتها في مختلف المحافظات، إلى جانب إعادة ترميم وإصلاح وتجديد الكنائس التي تضررت جراء الهجمات الإرهابية التى شنتها جماعة (الإخوان) الإرهابية في أعقاب فض اعتصامي رابعة والنهضة، وما تلى ذلك من أحداث.
كما تم خلال الـ7 سنوات من حكم الرئيس السيسي، صدور القانون رقم 80 لسنة 2016 بشأن بناء وترميم الكنائس وملحقاتها تحديدا في 28 سبتمبر 2016، وسط ترحيب من كافة المسئولين وأعضاء مجلس النواب والقيادات الدينية المسيحية باعتبار أن القانون الجديد ينهي مشكلة كانت قائمة منذ عدة عهود مرتبطة بالصعوبات التي تواجهها عملية بناء وترميم الكنائس.
وزار الرئيس السيسي الكنيسة 8 مرات لتهنئة الأقباط ونشر رسالة السلام والمحبة والطمأنينة، وكانت أولى هذه الزيارات لكاتدرائية العباسية في 6 يناير 2015 ووقتها وجه الرئيس حديثه للحاضرين قائلا: "كان ضرورى أجيلكم عشان أقولكم كل سنة وأنتم طيبين".. أما الزيارة الثانية للرئيس السيسي إلى الكاتدرائية بالعباسية فكانت في شهر فبراير عام 2015 لتقديم واجب العزاء في شهداء العملية الإرهابية في ليبيا.
وفي 6 يناير 2016، زار الرئيس السيسي الكاتدرائية بالعباسية للمرة الثالثة لتقديم التهنئة للبابا تواضروس ومشاركة الأقباط الاحتفال بعيد الميلاد المجيد.. وفي 6 يناير عام 2017، كانت الزيارة الرابعة للكاتدرائية للتهنئة بعيد الميلاد المجيد ليعلن الوفاء بوعده بترميم الكنائس، كما وعد خلال هذه الزيارة ببناء أكبر مسجد وأكبر كنيسة بمنطقة الشرق الأوسط، وذلك بالعاصمة الإدارية الجديدة.
وفي شهر أبريل عام 2017، كانت الزيارة الخامسة للرئيس السيسي للكاتدرائية بمناسبة تقديم واجب العزاء في شهداء الحادثين الإرهابيين بكنيستي "مارمرقس" بالإسكندرية و"مارجرجس" بأبو النجا في طنطا.. فيما كانت الزيارة السادسة للرئيس السيسي في يناير 2018 لتقديم التهنئة للبابا تواضروس بمناسبة عيد الميلاد المجيد بالكاتدرائية المرقسية بالعباسية.
وفي 6 يناير 2019، كانت الزيارة السابعة في ليلة تاريخية عاشتها مصر حيث افتتح الرئيس السيسي مسجد (الفتاح العليم) وكاتدرائية (ميلاد المسيح) بالعاصمة الإدارية الجديدة.. وتعد هذه الكاتدرائية هي الأكبر حجما وسعة بمنطقة الشرق الأوسط، حيث تقع على مساحة 63 ألف متر مربع وتتسع لأكثر من 8 آلاف شخص.. أما الزيارة الثامنة، فكانت في 6 يناير 2020 لمشاركة الأقباط الاحتفال بعيد الميلاد المجيد بكاتدرائية (ميلاد المسيح) وسط فرحة كبيرة من جموع الحاضرين.
كما شارك الرئيس السيسي في الجنازة الرسمية لشهداء الكنيسة البطرسية، والتى أقيمت في 12 ديسمبر 2016، ويومها أعلن عن منفذ العملية الإرهابية محمود شفيق محمد مصطفى، وأن العزاء لكل المصريين، قائلا "لن نترك ثأرنا".
كما وعد الرئيس السيسي، من داخل الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، جموع الأقباط بترميم الكنائس التي تضررت وأُحرقت عقب فض اعتصامي رابعة والنهضة في أغسطس 2013، حيث تعرضت 72 كنيسة للتخريب والحرق والتدمير على يد عناصر جماعة (الإخوان) الإرهابية وحلفائها.. وتم الوفاء بالوعد وإعادة تلك الكنائس لحالة أفضل من الحالة الإنشائية الأولى لها.
وكانت محافظة المنيا إحدى أكثر المحافظات تضررا في تخريب الكنائس، حيث وصل عدد المنشآت التي تم تخريبها لنحو 19 كنيسة ومبنى تابع، كما أحرقت عناصر الجماعة الإرهابية أكثر من 5 مواقع في محافظة أسيوط، وتأتي في المرتبة الثانية من حيث عدد الخسائر، تلتها محافظة الفيوم بـ4 مواقع تم الاعتداء عليها، و3 كنائس ومبان في السويس، وموقع واحد في الجيزة، وأخر في شمال سيناء، وكنيسة بسوهاج، فضلاً عن أكثر من 35 موقعًا آخر نالتهم تخريبات جزئية لم تؤثر على ممارسة الشعائر الدينية فيها.
ولم تتوقف جرائم الجماعة الإرهابية وحلفائها عند هذا الحد، ولكن تم استهداف عدد من الكنائس بعد ذلك من خلال تنفيذ عمليات إرهابية دموية أكثر بشاعة لما تم في الكنيسة البطرسية الواقعة فى حرم كاتدرائية الكرازة المرقسية فى العباسية، وعدد من المواقع الكنسية الأخرى.
وفي مايو الماضي، تم الإعلان عن المحصلة الأحدث لأعداد الكنائس والمباني التي تم تقنين وتوفيق أوضاعها بواسطة اللجنة الرئيسية لتقنين أوضاع الكنائس برئاسة رئيس مجلس الوزراء، والتي تم تشكيلها في يناير 2017 تطبيقا للقانون رقم 80 لسنة 2016 بشأن تنظيم بناء وترميم الكنائس.. وأسفرت نتائج أعمال اللجنة حتى أبريل 2021 عن توفيق أوضاع 1882 كنيسة ومبان مقسمة ما بين 1077 كنيسة و805 مبانى على مستوى الجمهورية.
وفي يناير 2020، أعلن مجلس الوزراء الموقف التنفيذي للكنائس بمدن الجيل الرابع، حيث تم خلال الفترة الماضية افتتاح كاتدرائية (ميلاد المسيح) بالعاصمة الإدارية الجديدة، وتنفيذ 6 كنائس بمدينة حدائق أكتوبر، بينما يجري تنفيذ 8 كنائس بمدن (المنصورة الجديدة، العلمين الجديدة، غرب قنا، العبور الجديدة، أكتوبر الجديدة، غرب أسيوط). بالإضافة إلى إحلال وتجديد 18 كنيسة وملحقاتها بمحافظة المنيا بعد إلحاق ضرر بها بتكلفة تقديرية 40.4 مليون جنيه.
وتأكيدا على توجيهات الرئيس السيسي بأهمية إنشاء كنيسة في كل مدينة جديدة يتم التخطيط لها والعمل على إنشائها وتأسيسها، تم الإعلان عن تخصيص 41 قطعة أرض لبناء الكنائس بالمدن الجديدة خلال الفترة من 2014 حتى 2019، وتم أيضا ترميم وتأهيل الكنائس والأديرة الأثرية، حيث تم ترميم وتطوير 13 كنيسة ودير على مستوى الجمهورية.
كما بلغت تكلفة ترميم كنيسة السيدة العذراء المعلقة بمصر القديمة 101 مليون جنيه، في حين بلغت تكلفة ترميم دير (الأنبا بضابا) بنجع حمادي 4 ملايين جنيه، بينما يجري ترميم وتطوير 42 كنيسة ودير على مستوى الجمهورية.
وفيما يتعلق بمشروع إحياء مسار العائلة المقدسة، فقد تم تشكيل لجنة مختصة لإدراج مسار العائلة المقدسة على قائمة التراث غير المادي لمنظمة الأمم المتحدة للتربية والعلم والثقافة "يونيسكو"، بالإضافة إلى تطوير موقع شجرة مريم بمنطقة المطرية وضمها لقطاع الآثار.
وفي مارس 2021، نشرت الجريدة الرسمية قرار الرئيس السيسي رقم 80 لسنة 2021 بشأن تشكيل مجلس إدارة هيئة أوقاف الكنيسة الكاثوليكية، كما أصدر الرئيس السيسي القرار رقم 81 لسنة 2021 بتشكيل مجلس ادارة هيئة أوقاف الطائفة الإنجيلية.
ومن المقرر أن يشهد العام الجاري صدور قانون الأحوال الشخصية الموحد للأقباط، بعد أن تم التوافق عليه بين الكنائس المصرية، حيث يخضع الآن لمراحله الأخيرة قبل تقديمه للبرلمان لاعتماده والعمل به.