تقع عيون موسى على بعد حوالي 25 كيلومترا تقريبًا من نفق الشهيد أحمد حمدي على طريق نفق الشهيد أحمد حمدي – شرم الشيخ، وتبعد حوالي 1500 متر تقريبا من ساحل خليج السويس، وتتوسط مدينتي السويس ورأس سدر، ويتبع مزار عيون موسى الأثري قرية عيون موسى التابعة لحي الجناين لمحافظة السويس.

بلغ عدد آبار المياه المكتشفة حتي الآن بالموقع 7 آبار ، وعدد 3 أماكن من المقترح أنها لعيون مياه متوقفة وتوجد إشكالية تاريخية في تحديد الفترة الزمنية التي ترجع إليها تلك الآبار ولكن يقترح أنها ترجع فى شكلها الحالي إلى العصر البيزنطي .

شيدت الآبار من الحجر الجيري المحلي وهو حجر رديء جدا ويحتاج إلى عمليات صيانة وترميم مستمرة، أطلق البدو المحليين العديد من الأسماء على الآبار المكتشفة وهي تقع فى غرب طريق النفق - شرم الشيخ وهي من الشمال إلى الجنوب كالتالي: بئر زهر، بئر البحري، بئر الشايب، بئر الشيخ، بئر الساقية، بئر الفجفاجة أو البقباقة بالإضافة إلى البئر الشرقي والذي يقع فى شرق طريق النفق – شرم الشيخ.

وسميت عيون موسي بهذا الاسم نسبة لأن الواحة التي تفجرت منها 12عينًا للمياه الصالحة للشرب لنبي الله موسي ، ويوجد بجانب كل عين لافتة باسم العين وعمقها ، ولا يخرج الماء حاليا إلا من عين واحدة فقط هي بئر الشيخ، ويبلغ متوسط عمق العيون حوالى 40 قدم .

وتعد عيون موسى مزاراً دينياً هاماً، لكونه أحد معجزات النبي موسى ، وتفجرت بالمياه العذبة، بعدما ضرب كليم الله موسى عليه السلام بعصاه الحجر، استجابة للأمر الإلهي، ليشرب بنو إسرائيل من مائها العذب ، بعد رحلة مطاردة من فرعون مصر لأتباع الدين الجديد .

وحدث ذلك أثناء خروجه وشعبه من مصر إلى الأراضي المقدسة عبر سيناء واستمر تدفق المياه بالواحة فأنبتت العديد من أشجار النخيل والحشائش .