يقع المتحف بداخل مكتبة مصر العامة بشارع الكورنيش محافظة مرسي مطروح، وقد انشائته وزارة السياحة والاثار بالتعاون مع محافظة مطروح، أنشئ المتحف لإلقاء الضوء على مدينة مرسى مطروح وتاريخها الحافل على مر العصور من واقع أعمال الحفائر بالمنطقة.تبلغ المساحة الكلية للمتحف 728م2، مقسمة على طابقين.

يضم المتحف العديد من القطع الأثرية التي تبرز إنجازات ملوك مصر خلال العصور المختلفة وأهمها الفترة الفرعونية مثل تأمين الحدود وإقامة الحصون والقلاع بمنطقة الحدود الغربية لمصر، بما يبرز الأهمية التاريخية للمنطقة التي تعد بوابة مصر الغربية بالإضافة إلى دورها فيما يتعلق بالصيد والتجارة وعلاقتها بجيرانها، كما تسلط المعروضات الضوء على معبودات الصحراء، أيضا يتناول سيناريو العرض المتحفي موضوعات أخرى كالفلك، والعلوم، والفلسفة.

يضم الطابق الأول من متحف آثار مطروح عرض مكشوف يتصدره تمثالان لأبي الهول وتماثيل لبعض الملوك والقادة الذين عاشوا على أرض مطروح، خلال الحقب التاريخية المختلفة، مثل رمسيس الثاني وأحمس الثاني والإسكندر الأكبر، بالإضافة إلى بعض اللوحات التي توضح حماية حدود مصر الغربية، كما يضم تماثيل بعض المعبودات مثل الإله سخمت وبعض التماثيل الرومانية.

ويضم الطابق الثاني تماثيل صغيرة مختلفة الأحجام وأدوات الصيد والرماح والسيوف والعملات، ومجموعة أدوات لعلوم الفلك وقطع أثرية من العصر القبطية وبعض الأيقونات والصلبان ومخطوط قديم للإنجيل ، بالإضافة إلى القطع الأثرية من العصور الإسلامية من مثل المشربيات والأرابيسك والسجاد وغيرها.