ترتبط مصر ارتباطًا وثيقا مع دول حوض النيل، فالنھر الذى يجمع دول الحوض ھو مصدر أساسى لتحقيق التنمية فى مصر، بل ھو مصدر وحيد للحياة فى ربوع المحروسة، لذلك سعت مصر لحماية مصالحھا مع دول حوض النيل من خلال مسارات متنوعة على رأسھا العالقات الثنائية التى تربطنا بكل دولة على حدة .
وتھدف مصر من خلال برامج التعاون الثنائية مع دول حوض النيل الى خلق شبكة من العلاقات القوية، بالإضافة إلى حرصھا على تنمية ھذه الدول من خلال مشروعاتھا التى تقوم بتنفيذھا ھناك والتى تعود بالنفع المباشر على مواطنى وشعوب ھذه الدول، وھى بذلك تعطى رسالة إلى افريقيا بصفة عامة وحوض النيل بصفة خاصة دائما فى قلب مصر .
وهناك العديد من التحديات التى تتنوع ما بين السياسية الأمنية والاقتصادية وكذلك التحديات التنموية مثل رغبة دول الحوض فى التنمية وما يرتبط بذلك من عملية إنشاء السدود والتنمية الزراعية مما تحتم على مصر التحرك، ـما بالنسبة إلى التحديات السياسية والتى تتضمن عدم الاستقرار السياسى لبعض دول حوض النيل ونشوب الصراعات القبلية والسياسية بين الحين ولأخر بالإضافة إلى عدم سيطرة الحكومات بدول حوض النيل على حركات التمرد بالإضافة الى المتغيرات الإقليمية والدولية إزاء ما تمر بھا منطقة حوض النيل من اختلافات فى التوازن النسبى بين دول الحوض بعضھا البعض، إضافة الى علاقاتها بالقوى الدولية .
بالرغم من التحديات المختلفة، فإن مصر تسعى بشتى الطرق إلى تعزيز التعاون الثنائى مع دول حوض النيل ليس فقط فى مجال الموارد المائية والرى ولكن فى جميع المجالات كما وانه ليس بالضرورة ان يكون ھناك مردود مباشر وجدوى اقتصادية تعود على مصر من الاتفاق على مشروعات التعاون الثنائى مع دول حوض النيل، اذا ما اعتبر أن التعاون الثنائى ليس له بعد سياسى يھدف الى استمرار فتح قنوات الاتصال والتواصل مع دول حوض النيل فى مجال الموارد المائية بعيدا عن مسار التعاون الإقليمي، كما انه من خلال تلك المشروعات تتواجد بعثات للرى المصرى فى العديد من الدول، ومنھا السودان وجنوب السودان وأوغندا وتنزانيا وقريبا فى جمھورية الكونغو الديموقراطية.