يركز "الجماعة 2" علي التطورات الداخلية في هيكل التنظيم بعد وفاة مؤسسه حسن البنا، حيث ستبدأ أحداثه بعدها بيوم واحد، كما يكشف المسلسل عن بعض الشخصيات المؤثرة في تاريخ هذه الجماعة، وتحديداً المستشار الهضيبي، الذي حمل الراية بعد البنا