تختص لجنة البروتوكولات بتنسيقية شباب الأحزاب والسياسيين، بعرض ما يخص بروتوكولات التعاون بدءا من اقتراحها وحتى اعتمادها بصورة نهائية.
وتشمل اختصاصات اللجنة، التواصل الخارجي مع الطرف الثاني بشأن بروتوكول التعاون وحتى ترتيبات يوم التوقيع.
وتتلقى اللجنة مقترحات بروتوكولات التعاون ومتابعة خطوات العمل عليها، والتواصل مع المختصين أو المهتمين بمجال بروتوكول التعاون من داخل التنسيقية لوضع وتحديد مجالات تعاون البرتوكول في المسودة الأولية.
ويأتي ذلك بالتزامن مع إعلان تنسيقية شباب الأحزاب والسياسيين، الاستراتيجية العامة لعملها والتي تضمنت بعض الإجراءات الهيكلية والتنظيمية.