يعتبر البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية رقم 118 أول بطريرك قبطي أرثوذكسي يزور اليابان من منذ 2000 عامًا؛ أي منذ بداية التاريخ الميلادي تقريبًا؛ حيث لم يقم أي من الباباوات الأرثوذكس السابقين على البابا تواضروس الثاني بالذهاب إلى بلاد الشمس المشرقة؛ فلم تكن هناك حاجة إلى ذلك؛ بسبب ندرة الأقباط التابعين للكنيسة القبطبية الشرقية هناك؛ فقد كانت البروتستانتية في مقدمة الطوائف المسيحية، تليها الكاثوليكية، ثم الأرثوذكسية الشرقية. ووصلت المسيحية إلى اليابان بتأثير الدول الغربية والبعثات التبشيرية بدءًا من القرن السادس عشر على يد فرنسيس كسفاريوس، والتي بلغت أوجها في فترة مييجي عند تحرير العقيدة في اليابان.
ودخلت المسيحية إلى اليابان من قبل المستكشفين والمبشرين البرتغاليين، اليسوعيين على وجه الخصوص، وأسس الكاثوليك البرتغاليين مدينة ناكاساكي؛ لتكون مركزًا مسيحيا هامًا في الشرق الأقصى، وخلال فترة إيدو بين القرن السادس عشر والسابع عشر تم حظر المسيحية واضطر أتباعها إلى التخفي وممارسة الشعائر في الخفاء، وبعد رفع الحظر عن المسيحية في القرن التاسع عشر بدأ المسيحيون الكاثوليك في الظهور للعلن من جديد، تلاه قدوم البعثات التبشيرية البروتستانتية من أجل التبشير في اليابان، وتكثفت أنشطتهم بعد الحرب العالمية الثانية، وتزايدت أعدادهم في القرون الأخيرة بشكل أوسع بين الشباب.
في عام 2010 وصلت أعداد المسيحيين اليابانيين إلى حوالي ثلاثة ملايين نسمة طبقًا لبعض الدراسات، ومعظمهم يعيشون في الجزء الغربي من البلاد، حيث تركزت معظم أنشطة المبشرين خلال القرن السادس عشر. لدى محافظة ناجاساكي أعلى نسبة من المسيحيين في البلاد؛ حيث يشكلون حوالي 5.1%
فيما أوضح البابا تواضروس الثاني، إنه في حبرية البابا شنودة رسم كاهن ياباني حاول أن يخدم فترة لكن ظروفه الصحية لم تكن مواتية، وابتدأ الأنبا دانييل أسقف سيدني؛ بما أنه الأقرب لها بمساعدة الآباء، ووجود مجتمع مصري صغير بدأ يفتش عن كنيسة حتى وجد هذا المكان، وبحضور 4 من الآباء المطارنة والأساقفة؛ الأنبا سيرابيون مطران لوس أنجلوس، الأنبا دانيال أسقف المعادي، الأنبا دانييل أسقف سيدني، الأنبا هيرمينا الأسقف العام بالقاهرة، وآباء كهنة من مصر، وسيدني تم تدشين أول كنيسة قبطية في اليابان.
وقال البابا تواضروس لقناة "C.T.V" القبطية في لقاء عقب تدشين كاتدرائية السيدة العذراء ومارمرقس بكيوتو - اليابان وهي أول كنيسة قبطية في اليابا، إنه ليس من المقبول أن يكون هناك مصريون أقباط لديهم حاجة إلى شيء، فترسل لهم الكنيسة كاهنًا يكون إقامة كاملة أو يزوهم بشكل متقطع – بحسب ظروفه – مفضلًا انتداب كاهن من أستراليا، لحين رسامة كاهن مقيم، مشيدًا برسامة ثلاثة شمامسة يابانيين؛ حتى يصبحوا خدام كبار في كنيسة اليابان.
ولفت إلى أن الكنيسة لها دوران؛ أحدهما روحي، وهو الدور الرئيس، والدور الآخر في المجتمع الذي تعيش فيه بحسب احتياج المجتمع بجوار الجهود التي تقدمها أي دولة، مشيرًا إلى أن تايلاند بها ملجأ، ودار ضيافة به حوالي 100 شخص يتفقدهم كاهن قبطي.