تنفذ القوات البحرية بالتعاون مع الأفرع الرئيسية للقوات المسلحة منظومة عمل متكاملة لمجابهة التهديدات والتحديات النمطية وغير النمطية التي تستهدف الأمن القومي المصري على كافة الاتجاهات الاستراتيجية .
حيث تقوم وحدات القوات البحرية بدور حيوي على مدار الساعة بتأمين الأهداف الاستراتيجية بالبحر وحماية الموانئ والسواحل المصرية ، بجانب دورها في مكافحة الإرهاب وقطع خطوط الإمداد اللوجستية والتسلل والتهريب عبر البحر ، والقيام بمواجهة قوية حاسمة ضد أي عمل إرهابي في نطاق مسئوليتها .
وأدى التواجد المستمر والفعال لأبطال ومقاتلي القوات البحرية بالبحر إلى مجابهة تنامي أنشطة التهريب وأعمال الهجرة غير الشرعية على المستوى الإقليمى خاصة في ظل الظروف الراهنة ، والمعاونة بأعمال البحث والإنقاذ وتقديم المعاونة بالإنقاذ للسفن ، والاشتراك في أعمال التأمين وضمان حرية الملاحة البحرية الدولية على الحدود الساحلية .
وقد شهدت القوات البحرية طفرة هائلة في برامج التسليح والمنظومات الفنية والادارية وفقا لرؤي خلاقة تتناسب مع تطور الفكر الاستراتيجي للقوات المسلحة وامتلاك قوة بحرية فاعلة ومؤثرة في محيطها الإقليمي بما يخدم المصالح العليا للدولة المصرية ، وتأمين وحماية الاكتشافات الحالية لمصادر الطاقة بالمنطقة الاقتصادية الخالصة ، والحفاظ علي مقدرات الشعب المصري وثروات وتطلعات وآمال الاجيال القادمة نحو حياة أفضل .