برز اسمه كسياسي قوي أبي أن يتخذ حزبه مسارا معاديا للدولة المصرية فخاض معركة سياسية بينه وبين مؤسس الحزب الهارب أيمن نور على رئاسة الحزب منذ سبتمبر 2005 حتى حسمت لجنة شئون الأحزاب الصراع بالاعتراف بموسى رئيسا للحزب في مايو 2011 ثم اندمج الحزب مع 24 حزبا آخر في حزب المؤتمر المصري في سبتمبر 2012.

وتحمل حملة ضخمة قادها الهارب أيمن نور واتهم أنصار موسى بالوقوف وراء حريق لكنه استكمل مشروعه حت حرر الحزب من أجندة تآمرية.