عندما بدأ العدوان الصهيونى على سيناء في الخامس من يونيه 1967 انقطع التواصل بين سعد الشاذلى وجنوده مع القيادة العامة للقوات المسلحة فتوغل داخل الأراضى الفلسطينية المحتلة، وعندما عاد الاتصال اكتشف أن المشير عبد الحكيم عامر أصدر قرارا بالانسحاب قبل إتاحة الفرصة لجنودنا لمواجهة العدو.
واستطاع الشاذلى أن يعود بكل جنوده دون أن يخدش واحد منهم، وفى إطار إعاد هيكلة الجيش قرر الرئيس الراحل جمال عبدالناصر دمج الصاعقة مع المظلات ليتولى قيادتها سعد الشاذلى، وانتهى الأمر بهذا الضابط المحترف ليصبح رئيسا لأركان حرب القوات المسلحة مع وزير الحربية أحمد إسماعيل على رغم الخلاف القديم بينهما.
وتحولت كراسة الشاذلى إلى (المانفستو) الذى يسير على هديه كل الضباط والجنود ففيه كل شىء عن أى شىء متعلق بالتحركات والمعارك.. إلخ وتجدد الخلاف بين الشاذلى وعلى بعد ثغرة الدفراسوار فقرر السادات إبعاده عن رئاسة الأركان.. وبعد حرب أكتوبر تم تعيينه سفيرا فى أكثر من دولة ولكنه لم يقبل هذا الوضع.. وتجدد الخلاف بينه وبين السادات ومن بعده مبارك.. وظل مبعدا عن مصر لسنوات طويلة ليرحل عن دنيانا يوم 10 فبراير2011.