أجرت الوحدة الوطنية الألمانية بعملية "أطلنطا"، التابعة للقوة البحرية المشتركة للإتحاد الأوروبي، في القاعدة الفرنسية في جيبوتي مراسمها الأخيرة للإنسحاب، حيث ستغلق الوحدة أبوابها بعد عملها لمدة 19 عاما كمركز للنقل والإمداد اللوجستي والدعم الطبي للقوات والقطع البحرية المنتشرة في منطقة القرن الإفريقي.

وكانت البلاد قد نشرت الوحدة الوطنية على طول سواحل جيبوتي في أوائل عام 2002، خلال عملية "الحرية الدائمة" لدعم القطع البحرية الألمانية التي تساهم في عملية مكافحة الإرهاب منطقة القرن الإفريقي.

ومنذ عام 2008، أصبحت برلين المساهم الرئيسي بقواتها في عملية أطلنطا وقدمت لها الدعم بالأفراد والقطع البحرية، حيث نُشرت السفن الحربية التابعة للبحرية الألمانية ضمن عملية أطلنطا، التابعة للقوة البحرية المشتركة للإتحاد الأوروبي أكثر من 30 مرة، وكان آخرها نشر سفينة "إف جي إس بايرن" في صيف 2016.

كما شاركت ألمانيا بإستمرار في عمليات الدعم اللوجيستي بطائرة الدورية البحرية والاستطلاع (بي-3 سي أوريون - كول ساين جيستر) حتى ديسمبر 2020.

وتوفر طائرات الدوريات والإستطلاع البحرية (إم بي آر إيه) مجموعة متنوعة من القدرات الإستخباراتية التي تجعل القوة البحرية للإتحاد الأوروبي في الصومال أكثر مرونة وسرعة في التحرك. وتتمثل مهمتها الرئيسية في التحليق فوق مناطق العمليات واكتشاف الزوارق المشبوهة وتوجيه السفن الحربية إلى مواقعها.