في بداية دخولك الكاتدرائية المرقسية بالإسكندرية تجد تخليدًا لصور شهداء الاعتداء على الكنيسة الذين رحلوا عن العالم جراء الحادث الإرهابي الذي نال الكاتدرائية يوم أحد الشعانين الذي وافق 9 أبريل 2017م، وذلك في محاولة لاغتيال البابا تواضروس الثاني بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية الذي كان يترأس القداس الإلهي حينها.
ولكنك عندما تتجول بالكنسية لا تجد أي آثار لتدمير أو إيقاف للصلاة وإقامة للشعائر الدينية بل عكس ذلك تمامًا، فتجد تطويرًا للمباني والإنشاءات واستقبالا حافلا للمُصليين وإقامة للشعائر الدينية والقداس بانتظام، فيقول خُدام الكنيسة إن الكاتدرائية لم تغلق أبوابها إلا لتلافي آثار التلفيات جراء الاعتداء عليها ثم استقبلت زائريها وفتحت أبوابها للمواطنين.
وتُعد الكنيسة المرقسية بالإسكندرية لها قيمة وأهمية خاصة فهى أقدم وأول كنيسة أُنشأت فى قارة إفريقيا، حيث أُنشأت بمنزل صانع أحذية مصرى يدعى "أنيانوس" وهو أول المؤمنين بالمسيحية، وقد حول منزله إلى كنيسة، لتكون بمثابة أول كنيسة بقارة أفريقيا وانتشر منها الإيمان المسيحى إلى باقى الدول الإفريقية.
وترجع الأهمية التاريخية لتلك الكنيسة أنها أُنشأت قبل 121 عامًا تقريبًا في عام 1899 من قِبَل المحسن الكبير قسطنطين جوجو وزوجته ماريوجا، والتى تبعد مائة متر عن البحر المتوسط على اسم القديس نيقولاوس شفيع البحارة لتكون مكرسة للبحارة اليونانين الذين كانوا يصلون إلى الإسكندرية فى الماضي، فيروا من بعيد القبة صغيرة للكنيسة وبرج جرسها.
وتقول خادمة الكنيسة إن تعرض مبنى الكنيسة على مر التاريخ للهدم والإنشاء مرة أخرى والتطوير إلى أن وصلت لشكلها الحالي، ومُخصص أسفل الكنيسة مكان لمزار "رأس مارمرقس" فالجسد كله كان موجودا بالكنيسة إلى عام 626 ثم سُرق من قبل بحارة من أندنونسيا، وبعد البحث لم يُعثر إلا على الرأس فقط ثم دُفنت في مكان أسفل الكنيسة مبهم بمعنى تم تخصيص مكان للمزار ولكنه ليس مكان دفن الرأس فالمكان غير معروف بالضبط، وتعرضت أيضًا الرأس للسرقة بعد ذلك مما أسفر عنه إخفاء الرأس.
وتأتي الزيارات للكنيسة من كل حدب وصوب ومن مختلف الأديان أيضًا مسلمين ومسيحيين لتفقد الكنيسة وحضور القُداسات ورؤية القطع الأثرية والملكية النادرة بالمبنى وزيارة رأس "مارمرقس" التي تُعد مزارًا سياحيًا.