كانت معظم مدن الجمهورية مسرحا لعدد هائل من جرائم جماعة الإخوان، التي لا يجب أن تنسى، خاصة أنها موثقة بالفيديوهات والصور، ومنها ما وصل إلى إلقاء أطفال من فوق أسطح المنازل. 

وهكذا كانت يوميات المصريين في هذه الفترة، ففي الإسكندرية هاجم الإخوان معارضيهم، وحين حاول بعض المتظاهرين التجمع أمام مقر الجماعة بمنطقة سيدى جابر، ففوجئوا بوابل من الرصاص ينهال عليهم من عناصر الجماعة، الأمر الذي تسبب في وفاة 4 أشخاص هم: أحمد متولى، محمود سليمان، وناردين لويس، والمصور الأمريكى أندرو ديكسويل، وفى بورسعيد وضعت قنبلة فى طريق إحدى المظاهرات المعارضة لمرسى، وهو ما تسبب فى وفاة صلاح الدين حسن المواطن الذى انفجرت فيه القنبلة.

وفى اليوم التالى 1 يوليو فى الإسكندرية قام مجموعة من الإخوان بضرب الشهيد محمد يسرى المصرى عضو الحزب المصرى الديمقراطى على رأسه بشومة فأردوه قتيلا من شهيدا، وفى منطقة المسلة بالفيوم أطلق الإخوان النار على الشهيد محمد اشرف قرنى فاردوه قتيلا، وفى كفر الشيخ طعنت مجموعة من الإخوان الشهيد علاء غلاب بالسكين فى الصدر فأردوه شهيدا.

وفى اليوم الثالث من ايام ثورة يونيو والموافق 3 يوليو 2013 انطلقت مجموعة من المسلحين الإخوان لاحتلال ميدان النهضة، فاشتبكوا مع الأهالى فى منطقة الكيت كات ما أسفر عن استشهاد المواطن حمدى بخيت أحمد، وكريم فتحى عبد الصادق، ونصر فرج على.

وحين وصلت جموع الإخوان إلى منطقة بين السرايات، اشتبك الإخوان مع الأهالى الأمر الذى أدى إلى استشهاد اكثر من 25 مواطنا، من بينهم أطفال من سكان المنطقة، فى واحدة من أكثر هجمات الإخوان دموية فى تلك الفترة.