خاض هيكتور كوبر في يوم 26 مارس 2015 أول مباراة دولية مع المنتخب المصري أمام غنيا الاستوائية على ملعب بترو سبورت في التجمع الخامس.
وفاز المنتحب الوطني بنتيجة 2-0 بهدفي باسم مرسي في دقيقة 86 ومحمود حسن ترزيجة في دقيقة 95.
ولعب المنتخب الوطني 24 مباراة دولية تحت قيادة هيكتور كوبر، حقق المنتخب 16 انتصار و4 تعادلات و4 هزائم، وأحرز لاعبو المنتخب في عهد العبقري الأرجنتيني 38 هدفًا واستقبلت الشباك 11 هدفًا.
وقاد كوبر المنتخب المصري لنهائي بطولة أمم إفريقيا واحتلال المركز الثاني في الجابون 2017 بعد الخسارة من أسود الكاميرون 2-1.