يقول الدكتور أحمد قناوي استشاري الصحة العامة أن للقهوة تأثير إيجابي على المعدة، فمن الفوائد التي تختص بالجهاز الهضمي، والتي يمكن الحصول عليها من شرب القهوة، هي مقدرة كوب من القهوة على تخليص الأمعاء من البكتيريا الضارة، ففي وقتنا الحاضر، تبين أن هناك خصائص مضادة للبكتيريا للقهوة، مما يجعلها ذات فائدة كبيرة في قتل البكتيريا المعوية الضارة، وبالتالي تحسين عملية هضم الطعام، ونقله بسلاسه إلى خارج جسم الإنسان.