يقع دير السيدة العذراء على قمة جبل الطير الملاصق للنيل، وتعد من أهم المزارات الخاصة بالعائلة المقدسة أثناء رحلتها إلى مصر بعد دير المحرق، وقد سمى هذا الجبل "بجبل الطير" نسبة إلى أنه كان يتردد عليه مجموعة كبيرة من الطيور تسمى البوقيوس الأبيض، كذلك عرف "بجبل الكف" و"دير البكرة".

ويقال إن "البابا ثاوفيلس 23"، في عدد الآباء البطاركة بالكرسي السكندري، ذكر أن العائلة المقدسة عبرت نهر النيل، وفي أثناء العبور كادت صخرة أن تسقط عليهم من أعلى الجبل، فخافت "السيدة مريم" على حياة "الطفل يسوع"، وهنا أشار الطفل بيده ورفع كفه لأعلى ناحية الصخرة، ودون أن يلمسها طبع كفه عليها، وظلت تلك الصخرة موجودة حتى أخذها المستشرقون، خلال فترة الاحتلال الإنجليزى لمصر، وتوجد الآن في "المتحف البريطاني"، لذا يُطلق عليه "دير الكف"، أو "جبل الكف"، أو "كنيسة الكف"، تكريمًا لكف المسيح التي طُبعت على الصخرة.

ويعد دير السيدة العذراء أعلى قمة "جبل الطير" بمركز سمالوط بالمنيا، أحد أهم تلك المزارات التي زارتها العائلة المقدسة في رحلتها لمصر، الذي تتخطى أهميته القيمة التاريخية فقط، وذلك لتوافد مئات الآلاف لزيارة المكان على مدار العام منهم نحو 2 مليون مسلم ومسيحي يتوافدون عليه في أسبوع واحد سنويًا يعرف بأسبوع الزيارة أو موسم العذراء أو المولد يحل في كل عام بعد عيد القيامة المجيد بنحو شهر وينتهي بعيد الصعود، أي في أواخر مايو من كل عام.

ويضم دير "جبل الطير" أربعة كنائس حديثة بخلاف الكنيسة الأثرية والكنيسة الأثرية بالدير ترجع إلى القرن الرابع الميلادي وتعد أحد المعالم الأثرية للمحافظة وتقع شرق النيل أمام مدينة سمالوط، وقد أنشأت الكنيسة على يد الملكة هيلانة والدة الإمبراطور قسطنطين عام 328 ميلاديًا، ونحتت الكنيسة في الصخر الصلد، وغالبًا ما كانت مدفنًا فرعونيًا أو رومانيًا تحول إلى كنيسة، والكنيسة لها مدخل يقع جهة الغرب يعلوه أحجار منحوتة مختلفة الأحجام تتميز بنقوشها الرائعة، وهي تتخذ في تخطيطها نمطاً يقرب إلى الشكل البازيليكي؛ إذ تتكون من صحن ذي ثلاثة أجنحة وخورس يتقدم الهيكل وعلى جانبيه حجرتان.

 ويتضمن الصحن المعمودية الأثرية المنفذة داخل أحد الأعمدة الحجرية الكبيرة، كما يتوسط صحن الكنيسة حوض اللقان، وفي الناحية الجنوبية الشرقية نجد المغارة أو الكهف الذي مكثت فيه العائلة المقدسة لمدة ثلاثة أيام.