يقول د.حسن كمال استشاري الجهاز الهضمي: مرض ارتجاع المريء هو مشكلة طبية يحدث فيها ارتجاع عكسي لمكونات المعدة إلى داخل المريء، بما في ذلك الطعام غير المهضوم والصفراء وأحماض المعدة، وكل هذه العناصر قد تؤدي لحدوث رائحة الفم الكريهة من المعدة. وفي العديد من الحالات يحدث ارتجاع المريء نتيجة وجود خلل أو ارتخاء في العضلة العاصرة السفلية للمريء، ورائحة الفم الكريهة في هذه الحالة لا يمكن التحكم بها إلا بالتحكم في مشكلة ارتجاع المريء. ومن ضمن الاحتمالات الأخرى للعلاقة بين ارتجاع المريء ورائحة الفم، وجد أن مرض ارتجاع المريء يمكن أن يتسبب في تآكل الغشاء المخاطي الرقيق المبطن للمريء وقد يردي هذا لزيادة نوع من البكتيريا والتي قد تؤدي لحدوث رائحة الفم الكريهة.