يذكر د. محمد عزب استشاري النساء والتوليد، أسباب رئيسية قد تقف وراء فشل الحقن المجهري، تبدأ من جودة البويضات والحيوانات المنوية، مدى جاهزية بطانة الرحم، وجود مشاكل وراثية في الأجنة أو عوائق مناعية خفية. وتتمثل الحلول الحديثة في الفحص الوراثي للأجنة، كما أن الحالة النفسية للأم تلعب دورا محوريا في استجابة الجسم.