لأي شراب عشبي آثار جانبية وخاصة إذا تم شربه بشكل زائد عن الحد المسموح ، فعلى الرغم من فوائد الكركديه لكنه قد يشكل بعض الخطر في بعض الحالات الخاصة. تقول الدكتورة نهى سعد الدين اخصائي التغذية إن الكركديه  قد يسبب   بعض الآثار الجانبية على الرغم من أنها غير شائعة ولكنها قد تصيب بعض الأشخاص مثل خفض ضغط الدم،التهاب الجلد،الصداع،الغثيان،طنين في الأذن،اضطراب أو ألم مؤقت في المعدة،الغازات،الإمساك بالإضافة إلى ألم أثناء التبول. وأشارت سعد الدين إلى أن هناك محاذير لاستخدام الكركديه خاصة فى  بعض الحالات التي عليها الحذر عند تناوله منها الحمل والرضاعة لأن  الكركديه غير آمن و في هذه الحالة عندما يؤخذ عن طريق الفم بكميات كبيرة علاجية ويجب تجنبه. ومريض  السكر  حيث قد يقلل الكركديه من مستويات السكر في الدم لذا قد تحتاج إلى تعديل جرعة أدوية السكر الخاصة بك من قبل الطبيب كما أن تناول الكركديه قد يؤدي إلى خفض ضغط الدم لدى الأشخاص الذين يعانون من انخفاض ضغط الدم ولذلك يجب تناوله بحذر مع مرضى الدم المنخفض.