يقول الدكتور أشرف فاروق استشاري الباطنة أنه قد يتزامن حدوث الأرق مع مجموعة من الأمراض الجسدية المزمنة مثل: حرقة المعدة: يمكن أن يؤدي الانزعاج الناتج عن تكرار الارتجاع أو حرقة المعدة إلى قلة النوم في الليل، ويمكن أن يزيد ذلك من الشخير، وخطر توقف التنفس أثناء النوم. مرض السكري: يعد مرض السكري اضطراب مزمن شائع يسبب ارتفاع مستويات السكر في الدم، يحدث عندما لا تستجيب خلايا الجسم بشكل مناسب للإنسولين، وقد يعاني الأشخاص المصابون بداء السكري الذين لا يستطيعون السيطرة جيدًا على مستويات السكر في الدم من بعض المشكلات المرتبطة بالنوم، مثل التعرق الليلي والحاجة المتكررة للتبول، كما أن انخفاض مستوى السكر في الدم قد يسبب أعراضًا، مثل الدوار، والعصبية، والصداع، وهذا بدوره يؤثر على جودة النوم.  المشكلات التنفسية: قد تتسبب التغيرات المرتبطة بالساعة البيولوجية في تقلصات الشعب الهوائية أثناء الليل، مما يزيد من احتمالية حدوث نوبات الربو الليلية التي تسبب الاستيقاظ فجأة، وقد تؤدي صعوبة التنفس أو الخوف من التعرض لنوبة ربو إلى زيادة صعوبة النوم، ويمكن أن يؤدي استخدام المنبهات أو أدوية التنفس الأخرى التي تحتوي على منبهات إلى نتائج مشابهة لتأثير الكافيين. كذلك قد يعاني الأشخاص الذين يعانون من التهاب الشعب الهوائية وانتفاخ الرئة من صعوبة في النوم، بسبب زيادة إفراز البلغم، وضيق التنفس، والسعال.