يعاني الكثير من الأشخاص من اضطرابات في الجهاز الهضمي نتيجة استخدام المضادات الحيوية وأشهر هذه الاضطرابات يكون الإسهال  وفي الحالة الشديدة قد يصاحبه ألم ببطن وخروج دم في البراز وهذا يحدث نتيجة خلل تحدثه المضادات الحيوية في توازن البكتريا النافعة والضارة في الجهاز الهضمي. يقول محمد عبد الرحمن استشاري أمراض الجهاز الهضمي  إن المضادات الحيوية تسبب اضطراب في توازن البكتريا الجيدة والسيئة في الجهاز الهضمي في منطقة الأمعاء تحديدا مما يؤدي إلي القضاء على البكتيريا الجيدة ونمو البكتيريا الضارة. وأوضح أن هناك علامات تدل على الاضطرابات التي تحدث نتيجة تناول المضادات الحيوية وأهمها ما يلي: - الإسهال المتكرر. - الشعور بالغثيان. - فقدان الشهية. -  وجود دم في البراز. -   ألم في البطن. وعن كيفية علاج الإسهال المصاحب لتناول المضادات الحيوية يقول "استشاري أمراض الجهاز الهضمي " أنها تتمثل في: -  عدم تناول المضادات الحيوية إلا تحت إشراف الطبيب. -  يمكن تغير نوع المضاد الحيوي الذي يحدث هذه الاضطرابات. - الإكثار من شرب السوائل وخاصة الماء. -  تجنب السوائل التي تحتوي على الكافين والسكر. -   تناول الزبادي أثناء أخذ المضادات الحيوية لأنها تحتوي على البكتيريا النافعة التي تساعد على القضاء على البكتيريا الضارة. -  تجنب الأطعمة الغنية بالألياف حتي لا يزيد من الإسهال.