سوء الامتصاص له أسباب كثيرة منها الوراثي أو نتيجة إصابة الأمعاء بالطفيليات (الديدان) أو نتيجة للإصابة ببعض الأمراض مثل أمراض الكبد والبنكرياس. وفي هذا الإطار يقول الدكتور عمرو الهضيبى استشاري أمراض الباطنة والجهاز الهضمي إن سوء الامتصاص يحدث نتيجة خلل في الجهاز الهضمي، مما ينتج عنه نقص في امتصاص المواد الغذائية المهضومة من خلال جدار الأمعاء الدقيقة والضرورية لنمو وتقويته الجسم. موضحا أن أسباب سوء الامتصاص عديدة ومتنوعة وتتمثل في: - الحساسية من بعض المواد مثل اللاكتوز الموجود في الحليب، والجلوتين الموجود في القمح. -  بعد العمليات الجراحية التي تجري في الأمعاء مثل جراحات السمنة. -  الإصابة بأمراض وراثية. - إصابة الأمعاء بالطفيليات "الديدان". - الإصابة ببعض الأمراض المزمنة مثل الالتهاب الكبدي. ولفت د."الهضيبي" إلى أن التشخيص يكون عن طريق فحص الطبيب للمريض وإجراء الفحوصات والتحاليل المعملية. واستطراد قائلا: إن العلاج يبدأ بتحديد الأسباب؛ لأن لكل داء دواءه ولذلك يجب إتباع الآتي: - الحرص على تناول الغذاء الصحي المتنوع والمتوازن. -  التقليل من تناول منتجات الألبان. -  محاولة وقف الأدوية المسبب للمرض أو على الأقل تغيرها. -  تناول المضادات الحيوية للقضاء على البكتيريا والطفيليات. - الابتعاد التام عن تناول القمح والبحث عن بدائل.