تشير الدكتورة آمال التهامي استشاري الباطنة أنه بالرغم من فوائد الزنجبيل العديدة للجهاز الهضمي إلا أن تناوله بكميات كبيرة أكثر من 4 غرامات في اليوم قد يؤدي إلى آثار جانبية على المعدة والجهاز الهضمي، منها: حرقة المعدة. اضطراب المعدة. الإسهال. الانتفاخ والغازات. وربما يسبب تناول الزنجبيل تهيجات الفم لدى بعض الناس، والتي تسمى متلازمة الحساسية الفموية. عادة ما تشمل أعراض متلازمة الحساسية الفموية المتعلقة بالزنجبيل الشعور بحكة ووخز باللسان، والتورم، وخدر الشفاه، وقد يؤدي تهيج الفم إلى طعم غير مستساغ. لا ينصح بتناول كميات كبيرة من الزنجبيل الطازج عند وجود تاريخ عائلي من التهاب الأمعاء، أو انسدادها، أو قرحة المعدة، فمن أضرار الزنجبيل على قرحة المعدة أنه يؤدي إلى تفاقم أعراضها. كما أن من أضرار الزنجبيل على ارتجاع المرئ عند تناوله بجرعات عالية أنه يزيد من حموضة المعدة، مما يزيد من تهيج المريء. يشير بعض الخبراء إلى أن تناول الزنجبيل في صورة كبسولات كمكمل غذائي بدلاً من الزنجبيل الطازج قد يحد من هذه الأعراض، ويقلل من احتمالية حدوث حرقة المعدة.