يقول الدكتور أحمد قناوي استشاري الصحة العامة إن أسباب الصداع النصفي المزمن غير واضحة تماماً، لكن توجد بعض التفسيرات التي تفسر الإصابة به ومنها اضطرابات الجهاز العصبي المركزي والذي يعد من أشهر الأسباب وذلك نتيجة لوجود اعتلالات الأعصاب إذ تتسبب في حدوث نوبات صداع نصفي متكررة. بالإضافة إلي العوامل الوراثية فقد تزداد فرصة الإصابة بالصداع النصفي المزمن في حال إصابة أحد أفراد الأسرة من الدرجة الأولى. ايضا عدم انتظام الأوعية الدموية يؤدي إلي وجود مشاكل في تدفق الدم إلى الأوعية الدموية في الدماغ إلى الشقيقة. وكذلك الاختلالات الكيميائية،حيث يحدث الصداع النصفي المزمن عند وجود خلل في إفراز بعض المواد الكيميائية أو تحررها، مما يؤثر على الأعصاب. وأخيرا الإصابة ببعض الحالات الطبية الخطيرة، مثل أورام الدماغ، أو إصابات في الدماغ، أو التهاب السحايا، أو مشاكل في الأوعية الدموية في الدماغ بما في ذلك السكتة الدماغية، أو ضغط داخل الجمجمة منخفض جداً او مرتفع جداً.