البكتيريا النافعة لا تقتصر فوائدها على الهضم فقط، بل تلعب دوراً مهماً في الصحة النفسية، إذ تساعد على تقليل التوتر وتحسين المزاج ودعم علاج الاكتئاب عبر تأثيرها المباشر على الدماغ من خلال ما يعرف بمحور الأمعاء-الدماغ، ويشير الدكتور معتز عبد الله أخصائي الأمراض النفسية إلى تأثير البكتيريا النافعة على الحالة النفسية كالتالي: الأمعاء تحتوي على ملايين الأعصاب مرتبطة مباشرة بالدماغ، البكتيريا النافعة تنتج مواد كيميائية مثل السيروتونين والدوبامين التي تؤثر على المزاج. بعض أنواع البكتيريا النافعة تقلل الالتهابات في الجسم، مما ينعكس إيجاباً على الصحة العقلية ويقلل أعراض القلق والاكتئاب. التوازن الميكروبي في الأمعاء يساعد على تنظيم هرمونات النوم مثل الميلاتونين. وجود تنوع بكتيري صحي يقلل من إفراز هرمون الكورتيزول المرتبط بالضغط النفسي. وأهم مصادر طبيعية للبكتيريا النافعة هي: الزبادي البلدي خاصة غير المبستر. المخللات الطبيعية مثل الخيار المخلل بدون خل صناعي. الجبن القديم مثل الجبن الرومي.