توضح الدكتورة أماني عبد المقصود استشاري الكبد والكلى أنه تعتبر الأطعمة الحيوانية عالية الدهون، مثل البيض واللحوم والجبن، من العناصر الأساسية في نظام كيتو لأنها لا تحتوي على الكربوهيدرات. وفي حالة تناول الكثير من هذه الأطعمة، فقد تزداد فرص الإصابة بحصوات الكلى، وذلك لأن تناول كميات كبيرة من الأطعمة الحيوانية يمكن أن يتسبب في زيادة حموضة الدم والبول، مما يؤدي إلى زيادة إفراز الكالسيوم في البول. أيضاً يمكن أن يقوم نظام كيتو الغذائي بتقليل كمية السترات التي يتم إطلاقها في البول. ولأن السترات يمكن أن ترتبط بالكالسيوم وتمنع تكوين حصوات الكلى، فإن انخفاض مستوياتها قد يزيد من خطر الإصابة بها. بالإضافة إلى ذلك، يجب على الأشخاص الذين يعانون من مرض الكلى المزمن تجنب رجيم الكيتو، حيث قد لا تتمكن الكلى الضعيفة من إزالة تراكم الحمض في الدم الناتج عن هذه الأطعمة الحيوانية، وهذا يمكن أن يؤدي إلى حالة من الحماض ، والتي يمكن أن تزيد من تفاقم مشاكل الكلى. علاوة على ذلك، غالباً ما يوصى بالوجبات الغذائية منخفضة البروتين للأفراد المصابين بمرض الكلى المزمن، في حين أن نظام كيتو الغذائي معتدل إلى مرتفع في البروتين.