كان استئصال اللوزتين قديما إجراءً شائعاً لعلاج أي التهاب فيها، لكن الطب الحديث بات أكثر تحفظاً، فلا يوصي بالجراحة إلا في حالات محددة تستدعي التدخل الجراحي. تقول الدكتورة نيهال فايز  استشاري جراحة  الأنف و الأذن  والحنجرة إن  استئصال اللوزتين ضرورة لهذه الفئات: أولا من يعانى من التهاب اللوزتين المتكرر أو المزمن يُوصى بالجراحة عندما يكون التهاب اللوزتين متكرراً بشدة بمعنى أنه يحدث سبع نوبات أو أكثر خلال العام الماضي أو خمس نوبات أو أكثر سنوياً خلال العامين الماضيين  أو  ثلاث نوبات أو أكثر سنوياً خلال السنوات الثلاث الماضية. كما قد تكون الجراحة ضرورية إذا لم تستجب العدوى البكتيرية للمضادات الحيوية، أو إذا تشكل خراج حول اللوزتين لم يتحسن بالعلاج الدوائي أو التصريف. ثانيا: قد تتضخم اللوزتان بعد الالتهابات المتكررة، أو تكونان كبيرتين بطبيعتهما و يستدعي هنا التدخل الجراحي في حال تسبب التضخم في صعوبة التنفس أثناء النوم  والشخير المزمن المصحوب بتوقف التنفس ومشاكل في جودة النوم تؤثر على النشاط اليومي. ثالثاً: حالات نادرة أخرى تشمل الاشتباه بوجود ورم سرطاني في اللوزتين، النزف المتكرر من الأوعية الدموية القريبة من سطح اللوزتين.